公元前586年，南国犹大亡于新巴比伦，耶路撒冷城、所罗门圣殿被毁，国中的精华与上层人士被掳去巴比伦异邦，进入巴比伦囚虏时期，这个时期持续近半个世纪。公元前538年，波斯古列王（Cyrus元前590～529年，亦称居鲁士王）兴起，释放犹大被掳的人归回巴勒斯坦。公元前586～538年，这一段时间称为被掳时期。
第一节 被掳到巴比伦去的犹大人
耶路撒冷城被攻破，犹大国家灭亡，巴比伦征服者将犹大国的官员、上层人士、技术人员掳去巴比伦，这是主要的一部分。但事实上不可能全部被掳走，剩下的一部份贫穷老弱，留下看守田园，“修理葡萄园，耕种田地”（《列王纪下》25：12），另外还有一部份流亡于邻邦埃及，接着流散到地中海沿岸各地。
被掳到巴比伦去的犹大人属于国家中的上层分子、工匠、技工、手艺人等，闻名的以西结先知也在被掳的人群中。新巴比伦王对待犹大俘虏远比以前的亚述王宽容得多，如北国以色列灭亡后，亚述王撒珥根二世将北国居民掳去亚述后，被强制分散各地，化整为零，终于使北国以色列人逐渐与异族人同化，久而久之，成为“丢失的十个支派”。这次被掳到巴比伦去的犹大人从若干资料上可以证明，他们仍可以聚居一地，享有一定的自由，并保留相当程度的民族习俗与特点。根据《以西结书》第一章的记载，以西结先知本人和一部分被掳者被安置在巴比伦的迦巴鲁河边。该聚居点称为“提勒亚毕”（Tel—Abib）“提勒”希伯来文为“土丘”或“小山岗”，即被掳犹大人的聚居点。除《以西结书》3：15提到此“亚毕山岗”外，《以斯拉记》中也提到被掳百姓聚居点的地名，如“特米拉”（Tel—melah）、“特哈萨”（Tel一harsha）等（《以斯拉记》2：59）。此处地名译文的“特”，与《以西结书》3：15的“提勒”在原文都是“Tel”，指“土丘”或“小山岗”。由此可知，被掳之民在巴比伦都有众多的“提勒”或“特”某某的大小民族聚居点。这种聚居点成为他们生活与崇拜既分散又相对集居的中心。
被掳之民在巴比伦异乡的初期情况，虽然圣经中没有很多的记载，但仅从《诗篇》第137篇这篇反映被掳时期的诗章中，就可以看出被掳之民在异乡内心的痛苦和对敌人的仇恨情绪。他们对耶路撒冷的爱恋与对巴比伦人、以东人的憎恶，形成了很鲜明的感情对比。这篇《诗篇》一开头写道：“我们曾在巴比他的河边坐下，一追想锡安就哭了。我们把琴挂在那里的柳树上，因为在那里，掳掠我们的要我们唱歌；抢夺我们要我们作乐，说：‘给我们唱一首锡安歌吧！’我们怎能在外邦唱耶和华的歌呢？”诗歌的作者肯定属于一个身历其境，备尝身心磨难的被掳者，他目睹以东人对这场灾难的幸灾乐祸，亲眼看见巴比伦敌人的残暴肆虐，他心中充满复仇雪耻的情绪，因而发出了似乎越出常情的咒诅说：“耶路撒冷遭难的日子，以东人说：‘拆毁，拆毁，直拆到根基！’耶和华啊，求你记念这仇。将要被灭的巴比伦城啊，报复你象你待我们的，那人便为有福。拿你的婴孩摔在磐石上的，那人便为有福。”（《诗篇》137：7～9）。
被掳初期，被掳之民不理解这场灾难的长期性与磨炼对他们所具有的意义。他们盼望很快结束这场灾难，很快得以归回故乡。公元前597年，约雅斤与首批被掳者在巴比伦只度过三、四年困难的时光，就有假先知迎合这种思想情绪，散布被掳之民二年之内就将归回，圣殿被掳去的器物亦将运回的虚假预言（《耶利米书》28：1～4）。耶利米先知力斥这种假预言的虚妄和危害，早在第一次被掳之后，耶利米先知就写信给巴比伦被掳之民，劝戒他们要在巴比伦盖造房屋，安心定居下来，要“栽种田园，吃其中所产的。娶妻生儿女，为你们的儿子娶妻，使你们的女儿嫁人，生儿养女，在那里生养众多，不至减少”（《耶利米书》29：5～6）。随着岁月推移，前后被掳之民逐渐适应巴比伦异乡的生活，他们从事各种社会生产劳动，包括商业、手工业、农业等，以后也有少数人在巴比伦上层社会中得到较高的位置。在宗教生活上，巴比伦异乡没有耶和华的圣殿，所以每逢安息日，在他们各民族聚居点，人们聚集一处，彼此安慰，互相劝勉，回忆先知早日的教训和预言。这种聚会形式和内容，逐渐成为犹太教后来犹太会堂（synagogue）的起源，发展为以后犹太教的正规崇拜形式与组织。在宗教思想上，被掳之民经历被掳的苦难，痛定思痛，他们对早日先知的预言与教训有了更深刻的体会和理解。特别关于被掳终将归回，耶路撒冷必将复兴的预言，更大大坚定被掳之民将来归回祖国的盼望。旧约中最早的先知书卷《阿摩司书》的末后一章曾明确无误地预言说：“到那日，我必建立大卫倒塌的帐幕，堵住其中的破口，把那破坏的建立起来，重新建造，象古时一样……，我必使我民以色列被掳的归回，他们必重修荒废的城邑居住，栽种葡萄园，喝其中所出的酒，修造果木园，吃其中的果子，我要将他们栽于本地，他们不再从我所赐给他们的地上拔出来，这是耶和华你的上帝说的。”（《阿摩司书》9：11，14～15）。被掳之民早先对先知的预言将信将疑，经历被掳的严酷事实，他们感悟了先知在各个时期对君王和众民的警戒、劝勉和谴责，以及预言和应许都是真实可信服的。被掳时期中，先知的权威地位在民中大大提高了。
第二节 被掳时期残留巴勒斯坦的犹大人
新巴比伦王尼布甲尼撒灭亡南国犹大后，多次掳走犹大居民，被掳走的多属国中的上层和民中的精华，留下来的是民中老弱和贫困穷人，他们管理残破葡萄园与耕种土地（《列王纪下》25：12）。这批人苟存活命于荒废家园之中，耶路撒冷呈现一片凄凉景象。旧约《耶利米哀歌》是仅有反映犹大国灭亡，耶路撒冷被毁时惊心怵目情景的诗章。诗歌作者显然是一位耶路撒冷被毁惨状的目击者，这城的先后光景对比太鲜明、太令人伤心了。他写道：“先前满有人民的城，现在何竟独坐；先前在列国中为大的，现在竟如寡妇；先前在诸省中为王后的，现在成为进贡的……”（《哀歌》1：1）；“黄金何其失色！纯金何其变色！圣城的石头倒在各市口上……素来吃美好食物的，现今在街上变为孤寒；素来卧朱红褥子的，现今躺卧粪堆……慈心的妇人，当我众民被毁灭的时候，亲手煮自己的儿女作为食物”（《哀歌》4：1、5、10）。诗歌作者不仅看到美丽的黄金的城市变成粪堆，他也看到巴比伦敌人的掳掠施暴：“我们的产业归与外邦人；我们的房屋，归与外路人……敌人在锡安玷污妇人，在犹大的城邑玷污处女……”（《哀歌》5：2、11）。这位耶路撒冷的见证人为耶路撒冷这场浩劫哀哭失声，流尽眼泪，肝胆寸裂：“我眼中流泪，以致失明；我的心肠扰乱，肝胆涂地，都因我众民遭毁灭，又因孩童和吃奶的在城内街上发昏。”（《哀歌》2：11）。
《耶利米哀歌》五首如实提供了当年耶路撒冷毁灭后的惨状，这种凄凉景象到以后若干年代后才渐渐改变。虽然没有直接的文字记载，但巴勒斯坦周围的民族，包括亚扪人、摩押人、以东人等是逐渐迁移进来了，以填补被掳居民的真空。《以西结书》36章间接地反映如此情况：“仇敌说，阿哈？这永久的山岗都归我们为业了……主耶和华对你们如此说，我真发愤恨如火，责备那其余的外邦人和以东的众人，他们快乐满怀，心存恨恶，将我的地归自己为业，又看为被弃的掠物……你们四围的外邦人总要担当自己的羞辱，这是主耶和华说的”（《以西结书》36：1～7）。异族人的迁居，多民族混居现象，日久不可避免逐渐产生血统的混合，毫不奇怪到了一百多年后的波斯时期，在尼希米回到耶路撒冷的年代，犹大地已出现了有不会讲犹大语言的新生后代了。尼希米的自述是这样说的：“那些日子，我见犹大人娶了亚实突、亚扪、摩押的女子为妻，他们的儿女说话，一半是亚实突的话，不会说犹大的话，所说的是照着各族的方言，我就斥责他们”（《尼希米记》13：23～24）。
第三节 流散到埃及、非洲的犹大人
巴勒斯坦毗邻埃及，南国犹大又曾长期处于埃及控制之下，所以犹大亡国后，一些亲埃及的犹大人逃亡到埃及去。他们在埃及建立聚居点，并受到埃及较宽容的庇护，能保留他们在耶路撒冷的宗教和习俗，甚至建立聚会用的圣所。
另据《耶利米书》记录的材料，在巴比伦王尼布甲尼撒的护卫长尼布撒拉旦占领耶路撒冷后，曾释放先知耶利米，许可他自由选择，或去巴比伦或留在耶路撒冷。这时巴比伦王立犹大本族人基大利为省长，管理这片已经遭毁灭的土地和剩余下来的一些人。不久基大利被少数潜伏下来的王室贵胄所刺杀，拥护基大利省长的约哈难派系追索以实玛利凶杀集团，这些人东逃亚扪境内，约哈难等不顾耶利米的反对，裹挟先知耶利米和书记巴录等进入埃及（《耶利米书》40：l～6；41：1～3；11～15；43：1～7）。此后，耶利米先知和进入埃及这一批人的下落，圣经以及别的史料都没有任何记载了。但完全可以肯定的史实是：公元前586年南国犹大亡国之后，除了被掳去巴比伦的人之外，另有相当一部分人是逃亡到埃及非洲一带的，这些人到了波斯王冈比西斯占领埃及时还出现过，并为人所共知。本世记在埃及阿斯旺（Assuan）地区，曾发现了一批很有价值的考古资料，被称为《象岛纸莎草纸文献》（Elephantine Papyri）。这些文献证明了在埃及尼罗河象岛地区曾住有从巴勒斯坦来的犹大人，他们在象岛上建立有与耶路撒冷圣殿相类似的圣殿，他们敬拜的神，名为“耶和”（Yahu）。而这圣殿在公元前525年波斯王冈比西斯占领埃及以前就已经存在了。《象岛文献》中有一封象岛的犹大人写给驻耶路撒冷波斯官长巴哥阿斯（Bagoas）的信，信的内容是向巴哥阿斯陈述象岛的圣殿被埃及的波斯人所破坏，因此请求巴哥阿斯许可他们重新建造。另一封就是巴哥阿斯的复信，批准犹大人重建他们的“耶和”（Yahu）圣殿。这两封用纸莎草纸书写的古信件，证实了在犹大亡国之后，确有一批犹大人逃亡来到埃及定居。这两封信的年代，大约是波斯大利乌王二世在位期间（元前424～404年）。
公元前八世记的先知以赛亚曾预言埃及将出现耶和华的宗教说：“当那日，在埃及地中必有为耶和华筑的一座坛；在埃及的边界上必有为耶和华立的一根柱，这都要在埃及地为万军之耶和华作记号和证据…耶和华必被埃及人所认识，在那日埃及人必认识耶和华，也要献祭物和供物敬拜他，并向耶和华许愿还愿”（《以赛亚书》19：19～21）。象岛中耶和华圣所的出现，可以说正符合先知想象中的“耶和华的坛”和“耶和华的柱”。
公元前六世纪时的另一个以赛亚（被称为“第二以赛亚”），他生活工作于南国犹大亡国后的被掳时期，这时被掳异邦的犹大人盼望归回耶路撒冷的日期能早日来到，期待上帝安慰、安慰他的百姓，并对耶路撒冷说安慰的话。这时第二以赛亚先知（包括《以赛亚书》第40章至第55章）发出充满信心的预言说：“我（耶和华）必使我众山成为大道，我的大路也被修高。看哪，这些从远方来，这些从北方、从西方来，这些从秦国来（“秦”原作“希尼”）”（《以赛亚书》49：11～12）。“诸天哪，应当欢呼！大地啊，应当快乐！众山哪，应当发声歌唱！因为耶和华已经安慰他的百姓，也要怜恤他困苦之民”（《以赛亚书》49：13）。第二以赛亚先知在犹大被掳时期即将结束之前，满有信心盼望归回日子的来临。到那一日，通往锡安的大道，必满了人，这些分散到耶路撒冷东、西、南、北方的上帝子民都要回归，于是就说：“这些从远方来，这些从北方，从西方来，这些从秦国来”。“秦国”曾被一些解经家解为是指中国。实则“秦国”的希伯来文是读作Sinim，汉译为“希尼”。由于近代圣经原文考证的研究，英文圣经的新译本关于Sinim（希尼）这一词语已改译为Syene（色耶尼），因为希伯来文原文的“希尼”，只需改动一个相类似的辅音字母就成为“色耶尼”，而“色耶尼”是现在埃及南方阿斯旺的旧名称。而色耶尼（即阿斯旺地区）己为上述的《象岛文献》所证实，在犹大亡国时，曾有一批犹大人流亡并定居于阿斯旺的象岛，还建立了会堂。所以根据《以赛亚书》49：12的上下文，先知预言有一天，众流散之民将从各方回归耶路撒冷，上文为“从北方来、从西方来”，而下文“从色耶尼来”恰代表“从南方”色耶尼来。可以推断，第二以赛亚先知曾获悉埃及南方的色耶尼住有流亡的犹大同胞，到那日，他们也将回归耶路撒冷。
今日较通用的英文圣经《修订标准本》（1952年）与《牛津圣经新译本》（1970年）已将Sinim（希尼）改为Syene（色耶尼），《佳音圣经》（Good News Bible）的中译本将“从秦国来”改译为“从南方的阿斯旺来”，另加底注云：“阿斯旺为埃及南部一城市，该城曾有犹太人的一个大社区”。由此可以想见，一些考古资料（如《象岛文献》等）的发现不仅有助于澄清历史事实，并且也有助于若干圣经难题的正确解释。