在中国的教难中，这次是空前剧烈的，为中国教会留下了最悲惨的后果。起因是当时回教人及朝中一些大臣嫉妒及仇恨天主教耶稣会士汤若望，因为他在朝廷中的影响力及地位太大。
一六三四年，最后的中国皇帝（即明思宗由检）委任汤若望神父修改中国历法，并任他管理天文台。皇帝于是把回教人杨光先及吴民文（译音）调职。一六四五年，满清政府又准汤神父继续管理天文台及做数学总监。以后，皇帝又封他为太师，又称他为‘可敬的神父’，且皇太后也很看重他。
有一位朝廷的辅政大臣非常狡猾(Amabung)想利用汤若望神父的才艺来征服及平定中国。汤若望及同会神父们也趁着那个大好机会，利用在朝廷上的职位来传扬教会。汤若望曾作过皇太子顺治的老师，太子很爱戴他。太子登位后，选他做主要的顾问，直到他去世前不久，都保持着那个职位。上述情形跟耶稣会神父在中国传教的计划有很密切的关系，即以皈化朝廷政要来皈化中国。实际上，当汤若望为朝廷所器重时，有不少的人进了教。然而，正是为了他的优越地位，才有人对他起了可怕的嫉妒及仇恨。同时，别的教士及信友们也跟着遭了殃，因此，就掀起了以下所说的教难，它关系着中国教会的生死存亡。为了同样的原因，也发生了别的许多教难，使教会损失了大部分的教友而大伤元气。
其实，加于一位外国传教士的如此殊荣，在中国向来是很奇特的事，故此引起了朝廷中有地位者的明争暗斗。他们都在等待时机，来打倒皇帝的宠臣；同时，也宣布反对天主教，尤其是因为汤若望的影响力发展得特别快。更增加那些顽固敌视者的仇恨，终于等到顺治皇帝驾崩后，顺势爆发。于是满人、汉人，敬邪神者、回教人士及佛教人士都联合起来，要消灭中国天主教的一切活动。
果然，皇帝刚一去世，以前好似为拥护教会的政要就公开宣布反对天主教。这样传教的结果是：教会所得到的有限度的自由及官方的保护，只得利于中国新贵们的(清朝)现实利益。那些教士们的学问及智能增长了政要们的虚荣心。他们利用教士们就像人们对柠檬一样：果汁被榨出来后，外皮就被抛弃掉。
汤若望神父的崇高地位所带来的不幸中，除了在政要们心中所引起的妒忌及仇恨外，还有一个是分配属下职位的争端。因为每个人都相信自己有权利得到一份职务，而实际上粥少僧多，无法使大家满意，那些吃了闭门羹的人就怀恨在心。
汤若望最大的仇人之一是吏部尚书，他跟当时的政要有家族关系。结仇的原委是这样的：教难前几年，荷兰国使节团到了北京，要求准许开建工厂。他们带来了琳琅满目的礼物，献给皇帝及他的大臣们。坤落本是汤若望的好友，便请他一道去参观上述礼物，看是否值得呈献给皇帝。汤若望对荷兰裂教派心有疑惧——他的想法不无道理，就对坤落表示那些礼物不是什么贵重东西。然而坤落对那些东西却玩得爱不释手。由于他注视这些东西过久，汤神父就以朋友信任的口吻向他说：“算了吧！您是一个贪心的官吏！”。坤落受不住这句话的刺激，决定对汤神父进行报复。使他在皇帝跟前失宠并撤去他的钦天监监正一职。他的一切阴谋都得到杨光先的支持。但他的计划都失败了，汤若望的地位反而更加稳固，而坤落的声誉则一落千丈，且回人杨光先差一点被斩首，假如汤若望没有替他求情的话。
一位教士作钦天监监正一职的另一个不利因素是：理部要求钦天监指定吉日吉时，来殡葬皇太子。按照中国迷信，吉日选择的得当与否，对皇帝及皇族的生死祸福攸关。钦天监人士所择的吉日为礼部所不喜欢，于是坤落把它改为另一日，就在那日安葬了王子。
可是，不久以后，皇太后也去世了。坤落利用这些不吉祥的事件在皇帝跟前诬告汤若望，说这些灾祸都是因为汤若望神父选择了不吉祥的日子来下葬太子所致的。但是，汤神父也不示弱，即把他的诬告公布出来，皇帝就把坤落贬为终身庶人。坤落因此更加疯狂地仇恨汤神父。上述事件及别的原因造成了那次可怕的教难。
顺治驾崩前四年，汤若望对于皇帝的影响日渐式微。他的仇敌便利用那个机会来推翻他的地位。上述皇族的不幸及许多人的恶习使顺治头脑不正常。他的爱妃、一个虔诚的佛教徒，完全掌握了皇帝，使他渐渐疏远天主教和汤神父。同时，使他跟和尚们接近，又使他许下要保护他们的谕令。汤神父引皇帝接近天主教的努力终于失败。皇帝爱妃的死亡使顺治完全疯狂了，他下令为她举行极为排场的葬礼，叫三十个人陪葬，他也企图自杀，或者削发为僧。因此，他就剪掉自己的辫子。这种举动在满族人的眼里是非常丢脸及下流的。最后，他跟和尚们的交往使他完全的疯狂。当时，他写了一本保护佛教、反对天主教的册子，并做出了许多别的胡涂事。
皇帝去世前不久，似乎清醒起来了。他出了一道大赦天下的谕旨，弑父母者、叛国者及对父母忤逆不孝者则例外。他把国家的四位要人叫到跟前，任命他们辅理国政，并把皇太子托付给他们，即康熙帝。最终，可怜的顺治皇帝于一六六一年二月六日驾崩，享年才二十三岁。过了几天，八岁的太子就即位。
顺治去世后，汤神父仍保有以往的高职位，而且好像曾被委任为新登基的幼小皇帝的宫中导师。然而，他的命运已被注定，因为那种待遇并不意味着辅政大臣们对教会的钦天监监正的重视。原来，跟汤神父保持表面上的友谊对他们是有利的，因为当时清朝尚未统一中国，而汤若望及别的教士们在这方面也有所贡献。然而，这也不过是拖延迫害他及别的教士们的时日而已。
先是杨光先已经于一六五九年公布了一本书来攻击汤若望及天主教，书名«辟邪论»。纳瓦来神父(P.DomingoNavarrete,O.P.)把它译成：«谨防假先知»。
北京有两位耶稣会的神父为反驳上述著作，也写了一本护教书，名曰：«天学传开»。在这本书里记载着中国教堂的数目和地址，只有道明会的未曾提及。
这本书使杨光先大发雷霆，便写了另一本书来反驳，书名为«不得已»。在这本书上有许多侮辱耶稣的话，并且说：在澳门有许多人准备造反，又说：北京的教士们画了中国地图正是为此。此外，还有许多反对利玛窦的话。
在鼓励并支持杨光先写那些书籍者中有上述所提的坤落。为了给作者酬金及印行那些不合理的荒谬著作，汤神父的仇人都联合提供经济支持。一六六四年九月十五日，杨光先给四位辅政大臣呈上了一份备忘录，目的是反对汤神父及天主教。在写备忘录及别的类似的档时，似乎有另一个回教人，名叫吴明晖（译音）在帮助他，他们告汤若望及别的教士们造反和宣传有危险性的道理。
辅政大臣们于一六六四年十一月十二日下令逮捕北京的四位耶稣会士——汤若望、南怀仁(P.FerdinandVerbiest)、安文思(P.Magallanes)和利类思(P.LudovicusBuglio)。同时被捕的还有几位教友和一个教外人，因为他曾为耶稣会神父们的著作写序。对汤神父，为了他的职位关系，又因为他害了瘫痪病，他们逮捕他时只用一条粗铁链把汤神父拴了起来。另外三位神父则立刻被戴上了镣铐：手上三条，脚上三条，颈上三条。
在罪状中，他们把顺治的死亡归罪于汤若望。又云：在澳门有三万欧洲军队等待侵略中国；他们传播邪道；在数学及天文方面犯了错误；教士们及教民谋反；为首者即汤神父，等等。
耶稣会神父们勇敢及明智地为自己辩护，但都徒劳无益，结果还是被判死刑。他们在礼部监狱里被囚到一六六五年一月四日。审讯结束以后，就被押解到刑部监狱，罪状是：他们是犯人，教会道理不对，他们又宣布天主教是非法的。
北京的教士们被捕后，全国的教士也遭到了同样的命运，朝廷把他们都集中到北京。又：政府命令毁灭全国天主教宗用品，但教堂、圣像则例外，对教民也不予为难。
不久北京四位神父都被定了罪：汤神父受绞刑；其它三位受鞭打并充军满洲。四位辅政大臣曾三次驳回对汤神父的判决，三次都定了他的死罪。审判官对汤神父的仇恨是那么的深，以至于第三次的判决是凌迟万段，这是当时中国最厉害的刑罚。上述判决第四次被驳回，辅政大臣们曾为汤神父求情，理由是他年纪太大，而且汤神父为国家贡献也很大。
四月十九日，在重新判决以前，朝廷出了一道上谕，大赦天下，极少的重犯则例外。就此，那三位神父获得了自由或有限度的自由，但汤神父则不然。可是，五月十八日，官方准许他回自己的寓所。却为了一次地震救了汤神父的命，原来中国人相信，那是由于虐待传教士们而使上天动怒所致。
五月二十八日，朝廷公布谕旨，命令把汤神父的教堂内所有的圣像及天主教对联都一并没收。他的公寓内的宗教画像，连同神父房内所有的圣像也被取出。汤神父当时因病卧床不起，原来他患了瘫痪症，舌头结巴不能言语，只有仆役们跟他在一起，南怀仁神父也不准接近他。
朝廷又下令：把耶稣会神父们的另一座教堂的圣像取下来。政府把汤神父的教堂及寓所都赠与杨光先，另一处则送给一个旗人。至于北京其它的神父们，准予居留在一幢他们自己的经过没收的房子里。杨光先还印行了一册反对教士们的书，又旧话重提，说他们要占领中国。
最后，除了朝廷里的四位神父，即被捕下狱的那四位，别的教士们都在一六六五年四月十二日被判充军至广州。九月十三日他们便离开北京。走了六个月又十二天的路程，才抵达目的地。虽然他们乘的船并不坏，然而在那样长久的旅途中，无论在河流、运河里或陆地上，都受了不少的苦。刘纳铎神父(P.LeonardoFelipe)曾因跌倒而摔断了一条手臂。一六六六年三月二十五日，他们到达了广州。在那里他们被安置在一座曾属于耶稣会神父们的房子，直到他们去澳门为止，但实际上他们未曾到那里去。
被充军的神父们一直到一六七一年也未能回到他们的传教区。这就是那次教难的悲惨后果。提起这件事来，纳瓦来神父写道：“南峨内Narvona说：王侯们因为缺乏认识和感情，又因为人民不欢迎，所以不任用外国人作大臣或顾问。”他说得很对，但实际上并不常如此。中国朝廷对耶稣会汤若望神父的礼遇有加足以证实这一点。皇帝对他越好，仇恨和嫉妒也越增加。中国人抱怨他跟满族人的关系太亲密，而对中国皇帝（明朝）没有显出更忠心及更支持的态度，虽然是他提拔了神父并赋以显要职务。耶稣会神父葛威(P.Govea)说：“利码窦神父用数学使我们进入中国，汤若望神父则以数学使我们被逐出中国。”