第九、十、十一世纪当教会努力在西方传教时，在东方却受开严重打击。1054年，东正教从教会分离出去。
一、东西教会双方疏远的根源：
１、公元332年，君士坦丁迁都，从那时起为教会分裂埋下了种子。增加了教会的隔阂，DUCHESNEL称：“东西方教会分裂不在于佛西亚及弥额尔而是欧瑟比主教为首的反抗西方教会。其原因在于： Ａ、在初期希腊教会就因为基督的身份而出现了异端； Ｂ、希腊教会同异端作斗争的结果同时取决于皇帝。随着时间的推移，教义方面的争论结束，可皇帝控制教会的局面仍存在。
２、皇帝教宗合一制：“国家高于教会说”
它是教会东西大分裂和西方大分裂的重要原因。在异教人眼中皇帝是世俗的统治者，同时也是精神方面的统治者，。这观念在基督教成为国教时也没有消除，皇帝们想把基督教变为顺从他们的宗教，想做伯多录继位人的任命人。干涉教会的事务，领导大公会议，成为物质和精神的最高领袖。且许多皇帝信奉亚略异端，基督一性论异端。
３、君士坦丁堡的朝廷主教们：（COULT BISHOP）
君士坦丁堡的主教们的温顺服从和个人野心造成了皇帝对教会内部事务干涉的胜利。他们因皇帝的权利并非是依靠自己的德行、学识、福音精神成为主教。他们成了皇帝的傀儡，或利用软弱的皇帝达到自己的目的。但是无论怎样最终受害的是教会。公元381年第一次君城大公会议，皇帝提高主教地位，把君士坦丁提升为总主教区，仅次于罗马。公元451年，大公会议又提高了主教们的地位，管辖很多地方。六世纪时随着其它三个宗主教区陷入回民之手，君城焊然宣称，自己是普世的宗主教与罗马抗衡。
４、特拉劳会议（TNTRYLLI）：
东西方教会的隔阂加剧。在公元692年，东方主教在特拉劳地方召开会议警告西方主教们，教会的纪律如西方不服从则开除教籍。这次会议第五十五条规定：“罗马教会在四旬期、星期六守斋是违背教会传统的，如神父这样做要被废逐，是主教，则开除教藉；教宗如在此时间守斋则开除教藉。”教宗拒不签字，皇帝出兵干扰。
５、敬礼圣像的争论：
公元七世纪随着伊斯兰教的兴起，东西方的联系被切断。东方逐渐从西方分离，他们对教会的信条、情感、敬礼持保守态度，对新的敬礼持怀疑态度。如果他们只是自己坚持还说得过去，但他们要把他们认为对的强加给西方教会，只要与他们不同，就认为西方教会不符合传统，应该废除。
Ａ、公元726年，东罗马皇帝良三世身受伊斯兰教的影响，将堂内的圣像、十字架全部捣毁，称为“破坏圣像者运动”这在东方教会引起了混乱与教难。遭到君城主教圣日尔曼的强烈反对。皇帝将圣日尔曼宗主教废除，当时教宗额我略二世绝罚了皇帝和他的跟随者。良三世报复教宗，派兵攻打意大利，扬言拆毁伯多录大殿，未能成功。良三世死后，他的继承人继承他的作法，逮捕、放逐敬礼圣像之人，许多隐修士为此而致命。
Ｂ、公元780年，女王依莱纳继位后，愿意恢复对圣像的敬礼，恢复国内和平，愿意东西方教会统一，她得到当时宗主教圣特拉乌斯的支持，并得到教宗哈德良一世的同意，公元787年，在教宗代表的主持下召开了第七次大公会议，也是尼西亚第二次大公会议。会议重新阐述敬礼圣像的真正意义，教会并非敬礼圣像本身，而是敬礼圣像所代表的神圣。天使、圣母或圣人。
“十字架的形象和圣像，不管是由石头或其它材料所造成，都应予以保留。它们不是我们崇拜的本身，而是因为它们能唤起我们对它们所代表的神人的注意力。因此在它们面前致敬，尊重、是符合教会传统的。”
敬礼圣像之争到九世纪时死灰复燃，皇帝良五世和德非路斯在此之后迫害遵守尼西亚大会决议的人，一直到女皇德道拉（８４３年继位）重新恢复了对圣像的敬礼，恢复了国内和平。敬礼圣像之争历时117年。
６、查理曼的加冕：
经过第二次尼西亚大公会议，东西方教会未能更好地恢复关系。更恶劣的事是公元800年良三世为查理曼加冕（圣诞节），使东方教会对西方教会更加仇恨，这不但是宗教问题而且也是国家的尊严问题。罗马本是罗马人的城市，而查理曼是蛮族。东方不能接受。东罗马皇帝就开始报复。武力占领伊利贡、西西里和意大利南部使之归于君城宗主教权下，并剥夺宗座财产。因为他们认为教宗已完全被掌握在蛮人手中了。由于教宗过于依附于西方的世俗权利，因而丧失了其在教会中的首席权。从此以后东方人不再服从“野蛮人教宗”的领导。分裂仅仅是时间的问题而矣。
７、佛西要分裂：
公元847年，圣像敬礼结束后东方教会又发生冲突。君士坦丁堡总主教依纳爵因皇帝叔叔品行不端而拒绝给其送圣体，因而引起皇帝的愤怒，把他充军废逐，另立佛西要（当时是教友）为君城总主教（这在东方也引起了不满）。教宗尼格老一世下令对依纳爵的废除无效，并将佛西要开除教籍，可佛西要不服，并攻击教宗及教会的独身制度。焊然在876年召开会议声称教宗为异端份子，罢免教宗。西方教会为裂教，因为西方在尼西亚信经上加上了“子句”。这样东西方分裂了。同年支持佛西要的皇帝弥额尔三世去世，巴西略一世继位后将佛西要废逐，恢复了依纳爵的职位。并召开第四次君士坦丁堡会议，这是教会第八次大公会议（公元896年）再次谴责佛西要并与罗马教会言归于好。佛西要于公元886年去世。佛西要的分裂虽然时间短暂，可后果却影响深远，东方对教宗的首席权产生了疑问。
二、东西方的正式分裂：1054年东正教产生。
从佛西要的分裂到现在的180多年中，罗马与君士坦丁堡有着表面的联系，可并未有真正的和平。尤其900－1048年期间是西方教会的黑暗时期，期间共有36位教宗。不乏生活堕落之人，这深深影响了他在东方的地位。
公元1053年，君城宗主教弥格尔•塞鲁来给教宗写信，指出拉丁教会的无酵饼成圣体是由犹太教而来，视为无效。四旬期不唱“阿肋路亚”星期六守斋，准许教友吃未出血的肉不符合宗徒传承。他还下令关闭了在东方的所有拉丁礼教堂。
为避免分裂良九世教宗派享拜枢机为首的调节团去君士坦丁堡。弥格尔拒绝接见，并鼓动民众反对，不准使节团举行弥撒，再加上枢机性情暴燥，双方发生冲突。公元1054年7月14日，在圣莎斐亚大殿里，枢机把开除弥格尔教籍的判书置于祭台上，跺脚而去。可塞鲁来不服，烧毁此信并鼓动东方教会反对西方教会，将西方开除教籍。从此东西方教会分裂。
公元1274年，里昂大公会议及1439年佛罗伦萨大公会议，双方曾努力合一可惜没有结果。分裂状态一直到今天。