纳文图拉，出生于意大利杜斯卡尼省的巴格劳里。其父亲约翰•费但扎是当地颇有名气的一位医生，母亲名叫玛利亚•瑞特拉。
关于他的出生年代学术界有两种观点，一种认为他出生与1217年，另一种则认为他出生与1221年。1240年前后他加入了方济各修会，并前往巴黎求学。他最初受教于当时著名的神学家哈勒斯的亚历山大及亚历山大的朋友和学生拉劳切尔的约翰。哈勒斯的亚历山大是英国人，他是第一位在巴黎大学的方济各修会的神学教授，有“不可辩驳的博士”的称号，著有《神学体系大全》，波纳文图拉终身对他的这位老师都怀有很深的敬意，他不止一次地称他为“我们的导师和父亲，另人无比怀念的兄弟亚历山大”
当1245年哈勒斯的亚历山大和拉劳切尔的约翰去世以后，他在奥多•利伽尔德和梅利托纳的威廉的指导下继续学习神学。1248年他在巴黎大学获得圣经学学士学位，同时获得讲授圣经的资格，开始登上大学的讲坛，讲授《路加福音》、《约翰福音》等篇目，这些演讲后来都汇编成书，其中重要的有《〈路加福音〉注解》、《〈约翰福音〉注解》、《〈智慧书〉注解》等。1252年，他又成为箴言学士，获得讲授彼特•郎巴特的《箴言四书》的资格。
这一时期，另一位神学家大阿尔伯特也在巴黎大学讲学，他是德国人，多明我修会的修士，以博学著称，号称“全能博士”。和哈勒斯的亚历山大相比，他对亚里士多德的理论有着更多的理解和支持，他认为在亚里士多德以及阿拉伯哲学家的著作中，存在着许多对基督教来说至为宝贵的东西，因此，他努力让亚里士多德哲学在他的时代成为可理解的，并显示出价值。后来成为波纳文图拉终身的朋友.多明我修会的修士托马斯•阿奎那则于1245-1248年1248-1252年先后在巴黎大学和德国科隆大学跟随他学习神学，并在大阿尔伯特的举荐下，于1252年获圣经学学士学位，登上巴黎大学的讲坛，并于1254年开始讲授《箴言四书》，到1257年，他也完成了《箴言四书》的注释。
正当风华正茂的波纳文图拉和托玛斯欲在大学讲坛上一显身手时，巴黎大学内部却发生了一场争斗，几乎改变了两人的命运。到1243年时，新起的两个修会已占取了巴黎大学神学院12教席中的4个，方济各修会和多明我修会在大学的活动和渗透遭到了世俗学者们的强烈抵制，双方发生了激烈冲突。这两个修会都要求他们在大学里面占有更多的神学教席，即他们要求他们的神学教席必须编入大学制度之内，而且他们的教授和学生应该享受大学的特权，并且只遵守修会自己的制度，而不受其他教师服从的章程的约束。大学的教授集团极力反对这样的要求，他们坚持修会不可以同时占据一名以上的教席，并攻击修会的规章制度。大学的教授团也拒绝授予波纳文图拉和托玛斯博士头衔。在冲突中，波纳文图拉和托马斯联合起来，发表了各自的答辩以反击那些攻击言论，波纳文图拉的答辩论文是《问题论辩：论福音的完满》两人也由此建立起了深厚的友谊。然而，迫于压力，托马斯•阿奎那和波纳文图拉最后被迫离开了大学讲坛。但是，在整个事件中，教皇却支持托钵修会，1256年10月5日，教皇亚历山大四世谴责了圣阿姆的威廉的言论，10月23日他又要求大学接纳波纳文图拉和托玛斯作为博士。在罗马教廷的直接干预下，托钵修会最终取得了胜利。第二年的10月23日，波纳文图拉和托玛斯同时被授予博士和神学教授的头衔。然而，这荣誉对波纳文图拉来说来得太迟了，因为就在他被授予博士头衔的前8个月，即1257年2月2日，在教皇亚历山大四世的亲临下，36岁的波纳文图拉已当选为方济各修会的第七任总会长，从而不得不离开讲坛，永远地放弃了自己的专职教学活动。因此，被授予博士头衔所举行的庆典就成了他大学生涯的告别仪式，他的后半生的大部分精力都奉献给了他的修会。
波纳文图拉继任修会的总会长时，修会内部正面临着严重的危机，他必须解决修会内部日益激化的冲突。当时，出于对圣方济各“清贫福音”理解上的差异，在方济各会内部出现了两种主张。以埃利亚为首的修士们主张坚持传统的修道院制度，认为随着修会人数的增加，应进一步扩大修会的势力和影响灵活地适应世俗生活的变化。因此，必须对修会的制度和章程作出一些改革，去掉那些过于苛刻的规则。以乔万尼为首的修士们则坚持方济各倡导的安贫和苦修，强调要像基督和方济各那样过贫困而简朴的生活，坚持严格遵守修会最初的规则。双方争执不下，矛盾日益严重，致使方济各会的“兄弟们”最后分裂为两派：前者的成员居多数，称之为“放任派”，后者的成员居少数，称之为“属灵派”。
作为修会的最高领导，为了能解决修会内部的纷争，波纳文图拉可谓殚精竭虑。他希望这两方能达成某种平衡。1259年，波纳文图拉从法国远行到意大利的阿维纳山，希望在那里能得到某种启示，使修会获得和平，就在那里，他写下了《心向上帝的旅程》这部广为流传的名著。在担任修会第七任会长期间，他为修会的发展作出巨大贡献，以致于被称为方济各修会事实上的第二创始人。在这一时期，他的著作大都是一些神秘主义的小品.
修会的事务虽然耗费了波纳文图拉的大部分精力，但他仍然同当时的学界保持着相当紧密的联系。继任会长后，他长期定居在巴黎，使得巴黎成为修会的总部所在地，他自己也时常到大学去布道与演讲。晚年，面对拉丁阿维罗伊主义的泛滥，他写下了一系列论战性的作品。在这些著作中，他竭力捍卫基督教最高的真理，并提醒大学的学生们要警惕时下流行的错误，不要盲目追随亚里士多德，告诫他们，“在亚里士多德说得对的地方，我们同意他；但是，在他弄不清楚的地方，在他所不知道或取消了的问题上，我们不能同意他。”这一时期可以看作是波纳文图拉学术创作的又一高峰。这次论战的最终结果是直接导致了1277年的“大谴责”，尽管那时波纳文图拉已经去世了3年。
1265年11月24日，教皇克莱们四世在给予了波纳文图拉高度赞扬后，任命他为约克大主教，但是，波纳文图拉拒绝了。1273年6月3日，教皇格列高利十世）再次任命他为阿尔巴诺红衣主教，迫于压力，这次他不得不接受了这一职位。上任不久，他就协助教皇召开了促进东西教会重新联合的里昂会议，在会上，他作了关于东西教会的重新联合的演讲，在整个会议中，他都起到了很大的作用，他温文尔雅的品格更是受到了希腊人的赞赏和尊敬。但是，这次会议却耗尽了他的精力，在会议临近结束时他病倒了。在达成希腊教会与罗马教廷联合后的第8天，即1274年7月15日，波纳文图拉逝世，同一天，他被埋葬在里昂的方济各修会的修道院里，教皇亲自出席了他的葬礼。1482年4月14日，教皇西斯笃四世封他为圣徒。1588年3月14日，教皇西斯笃五世提升他为教会的导师，并在通谕《胜利的耶路撒冷》中高度评价了他，认为“在他的著作中，他已将最高的博学与炽热的虔诚统一起来，因此，他在启迪读者思想的同时也触及到他们的内心，渗透到他们灵魂的最深处。”