第二部分 （精神—思想的主动暗夜）
在本卷内讨论走上与神结合的更近的方法，这便是信仰；为此，我们在这暗夜的第二部分所讨论的，是属于精神的，包括在第二首歌词中，歌诗如后：
第 一 章
第二首歌词
在黑暗中也在安全里，
由秘密的，改装的阶梯。
啊幸福的命运啊！
在黑暗中，在隐密里，
今而后，我的住室静静寂寂。
一：在这第二首歌词中，灵魂吟咏她幸顽的命运，脱离了一切精神缺欠的精神羁绊，也悠游于属于精神的特殊贪欲中。这个对灵魂来说，实在是一个大的幸福，因为要在这精神部分的住宅，安静憩息，乃是一件极为困难的事。并且能够进入这个内在的黑暗—那是说精神在一切感觉和精神的贪欲中，自由无羁，只是依恃着信仰，由它上达到天主台前，更不是一件易事。为此，在这里我称呼它是梯阶与秘密，因为一切的等级，一切的事项，对于整个的感情与全部悟性，都是秘密的，都是隐藏的，此外，它也被拿去感觉与悟性的一切光明，脱离了一切自然与理智的界限，从这个信仰神圣的梯阶上升，攀缘而深入到神的深奥处。
为此，她说她是改装的，因为她将所穿的自然方式的衣什服装，改装成为神明的，由信仰的上升，这样的改装并且阻止她不为世物所知所羁，也不受理智与魔鬼的纠缠与认知；只要她步履于信仰中，她便不会受这些事物的迫害。不但如此，灵魂并且是遮蔽得好好的，隐藏而远离于魔鬼的一切欺骗，真真如在这里所说的，她是行走在黑暗与隐蔽里，这是说，对魔鬼来说，信仰的光明比起黑暗来，更为隐蔽（魔鬼是不能透入信仰的重幕的）。
二：为此，我们才能说：这样行走的灵魂，是在不为魔鬼所知，为魔鬼是隐密的，以后我们还要更清楚的解释解释。因此，她才说是在黑暗中，也在安全里走出来，因为她在信仰的黑暗中，能够行走，这个太幸运了，她以信仰为盲目者之领导，脱免了一切自然想象与精神理由的羁勒。如同我们以前说过的，而非常安全的走动。为此，她又说，她从这精神的黑暗中踱出来，她的住室自今而后静静安谧；在这种情形下，如果灵魂达成了与天主的结合，她在精神部分的自然能力，感情的冲击与焦虑，都能安谧而静寂。因之，她不说她是带着焦虑的走出来，如同在感觉的第一个暗夜里那样。因为她为了进入感觉的暗夜，并且也将感情剥夺，为要完成走出这一段道路，必要受感觉爱情的压迫；然而，为要使精神的住宅，静寂安谧，只要将精神的一切能力，兴趣与贪欲，安放在纯粹的信仰中，就会大功告成。完成了这个阶段，灵魂便与她的至爱者，结合在爱情与相似的纯洁与精神中。
三：我们应该注意歌词的第一首，有关感觉部分的说法；是由暗夜中踱出来，而在这里叙述精神部分呢，我们则使用了「在黑暗中」，这是因为在精神的部分中，黑暗是更浓的，比起暗夜来还更阴暗，因为纵然是在最暗的深夜里，我们还能看见些什么，但是在黑暗中，却是一无所见。因此，在感觉的暗夜中，还能有一些光明，因为悟性与理智并没有盲目无知，而在那精神的暗夜中，这就是信仰，她剥夺了一切，无论是情感，也无论是悟性。为此，灵魂在这里才说：她是在黑暗里，也在安全中行走，而在另一部分中，则哑口不语及此。因为很少有灵魂，用自己的力量工作，她这样前进的更为安稳，因为她在信仰中前进的更多。关于这一点，我将在这第二卷内谈得更多，在这里，我也要求虔诚的读者注意，因为我们为那真正的神修者，要谈论极为重要的事件，虽然它们还多少有些晦暗，我们仍然要开启给人们道路，我相信，一切将会和谐良好的。