农村宗教与乡村的组织
近年，曾经进行几个有关十九世纪在华传教的研究，主要以总理衙门（满清帝国外交部）的档案文件为基础。这个材料提供重要的元素，有助理解在十九世纪末的中国农村社会，乡村结构是怎样，以及它们与基督徒宣讲之间的冲突。
十九世纪下半叶，中国北部的农村宗教与乡村组织之间是息息相关的。北方的农村一般是由多户家庭组成的，因此，庙宇充当融合、社交联谊、施行权力和控制的中心。
其中一个导致关系紧张的原因，就是基督徒可豁免纳进庙税；这些税项是用来资助传统庆典，求雨的巡游和戏曲。地方制作的表演称为「庙会」，是在庙里举行的，也是宗教庆典与社会生活中重要的一部份。戏剧人物构成集体想象，人们的模范，尤其是青少年的模范，以及普及文化的内容。义和团主要成员来自青少年，他们从农村庙宇广泛上演的戏曲中永不言败的主角身上，学习了英雄人物的行为。
根据传教士的描述，这些戏剧演出不但是不道德和下流的，也是迷信的。因此，按照一八六零年的条约，传教士得到保证，基督徒无需缴付该类税项，亦下会因而遭到报复。
以下的事件清楚说明这个问题。一八八一年四月一日，在（山西省）大同县榆林村，一群人来到没有纳进庙税的基督徒关祥（音译）的家里。他的妻子已有三个月身孕，却因反对群众而遭殴打，结果失掉了孩子。五天后，又讨伐另一个家庭。传教上获悉后，向宫府投诉。县官传召第二次袭击的受害人，他名叫YangDianzi，并问他：
「你属于那个国家?」YangDianzi说：「我属于清国（即中国）。狂怒的县官说：「如果你属于清帝国，那么，为什么你追随洋鬼子和他们离经叛道的宗教?你没有纳税来支持村里的工作，所以被殴打。你怎能把这带到衙门来?你必须缴税，否则，你无权住在这里，你必须离开，去外国吧。」
巴主教报导，向慕道者讲的其中一句侮辱说话就是：「你不再是汉人，而是洋人。」豁免纳进庙税，又获得衙门的保护，都强化了这种信念。基督徒所获得的豁免，被视为威胁到这些民间和宗教倡议的生存。当地的庙宇实际上是农村社交生活的中心，因此，庙宇的活动，包括戏剧表演，都是社群的活动。纳税是合乎逻辑和行政的结果。条约和传教士尝试区分公共事务和宗教活动，因为公共事务为所有居民是必须的，但宗教却不是。在传统的中国农村，这种区分很难得到认同及落实。传教士的宣讲自然为北方的农村生活带来令人不安的元素。各种跟庙宇连系的活动和组织本来是整个社群的参与，但已变成自愿的组织，只涉及一部份人口。然而，我们必须注意，至少在陕西省，回教徒在一八八二年暴乱之后，也获得这些豁免。
天灾和赈济
在清帝国的乡村，庙宇附近的物业是村民共享的。当村内有少数人成为基督徒后，便会要求把土地分配，很容易产生矛盾、猜疑、怨恨，并引发食水和粮食短缺的恐惧。
据称在某些地方兴建圣堂和小圣堂，会破坏当地的风水，为整个小区造成负面的后果，此举也引起争议。传教亡和基督徒有时被控触怨神明，要为各种天灾负责。
在晚清期间，基于人口的变迁，耕地减少，生产自然下降。食水供应亦跟土地的分配息息相关，直至二十世纪五十年代，在农村地区仍缺乏有系统的食水分配……
在北方山东、直隶、河南、山西、陕西等地，经常发生天灾。在一八七六年至一八七九年发生的饥荒，北方五省已有一千万人死亡。为解决这个问题，兴建大型公众粮库，储存粮食，以供荒年之用，或由朝廷拨款赈灾。公众粮库有时遭人劫掠，尤其是遭军队劫掠，
或者在运输和沟通方面出现问题，粮食于是变坏，而在偏远的省份，百姓要忍饥受饿，甚至饿死。传教士在饥荒时伸出援助，而普遍上亦较多帮助穷人和借贷。此举已在不同场合导致地方群体与天主教会之间的敌对和冲突。自从晚明耶稣会传教区的时代起，传教土已借钱给有需要的人。然而，为避免滥用传教士的慷慨，或因利益而皈依，于是鼓励尽可能还款。因此，传教士偶然被指控为诈骗或压迫穷人。
诉诸公堂
正如我们在上文所看到的，传教士把民事案件诉诸公堂，此举也成了导致敌视传教士的另一个原因。由于受到条约保护，传教士在面对地方官吏时有更大的谈判力量。他们在买地、用水和其它民间及社会事务等方面，都较容易赢得官司。
有些传教士由于缺乏经验，或为了讨好基督徒，便利用自己的特权来支持某些不一定公平的官司，得到地方宫的讨好，因为他们不能反对外国人。于是，基督徒被控为了世俗利益和机会主义而皈依，包括为了寻求司法上的保护而求助于传教士。
当然，大部份传教士都是出于维持正义而诉诸公堂的。甚至有一些共产党革命家也承认这一点。毛泽东的亲密盟友陈伯达指出，许多农民加入教会，是为得到保护，以免受到封建士绅的压迫，传教士也为他们争取，在公堂上替他们辩护，免受地主的虐待。我们已在上文提及郭西德在一九零零年七月十曰的信中，已经讲过类似的事件：
真的，有许多人也来，定为免受到压迫者不公乎对待。
非礼的指控
有关传教上涉及非礼的指控，往往是困扰在华传教事业的严重问题。早在晚明时期，已有针对传教土的指控，包括利玛窦和汤若望，指他们涉及非礼和性罪行。类似的指控透过大量反基督徒小册子而广泛流传。我们应谨记，中华帝国的社会，尤其在农村社会，对于两性之间的公开交往是极之保守的。即使医生也不许探访妇女。他们唯一可以接触女性的身体部位就是手腕，病人则用一个小人像来指出身体那部位疼痛。就外国人来说，如果与女性结伴，即使沉默寡言，也令人觉得可耻的。
十九世纪下半叶，反基督徒文学（辟邪纪实）（一八六一年）是流传得最广泛的小册子，在反基督徒运动担当重要的角色。这本文学著作包含骇人的描述和图画，指控传教士犯了最令人恶心和残忍的罪行，几乎都是性的罪行。传教士也被指控其它罪行，例如剜掉孩子和临终者的眼睛来制药（其后也说用来制造照相机），刦开孩子的心绑架及杀害他们，放高利贷，在井里落毒等等。当代研究中国反基督徒运动最重要的学者保罗·高汉指出，这种资料不断被人重复，最后有人相信，甚王连绅士也相信。
因此，传教士必须采取审慎的对策。首批耶稣会士已发明了一种制度，就是在听妇女办告解时，有第三者不断监视着神父和悔罪者，却又听不到说话的内容。耶稣会士替妇女施洗时，亦要删除一些次要的礼节，例如把唾液点在耳朵，把盐放在口里，把油放在胸口和头上．此举惹来道明会士的反对。根据有关研究传教区的手册所载，在华的传教上接触妇女时必须遵守非常特别的限制和注意事项：
传教士与妇女交往时要非常谨慎或小心。如可能的话，除了在公开的小圣堂外，他们不应接见她们；他们必须要求她们一定要结伴前来……如果证实有问题走不能公开的，听众稍为坐在一边，并让众人看得见。至于妇女办告解，在这些情况下，要避免异教徒的轻率目光和说长道短，是困难得难以置信。在任何情况下，不论基于什么理由或前提，传教士都不可以在日出前或日落后听妇女办告解。他绝对不可被说服在没有成年人同处一房间作证之下听妇女的告解……为妇女付临终确定致命的，尤其假如对方是年轻的］在这些情况下，当然要省略在脚上傅油……无论如何，传教士总该避免接触妇女的手腕……他从不可以抚摸母亲怀中的婴儿，在任何情况下，都不可亲自抱起他们。
排外运动
十九世纪中叶，随着洋务运动的尝试失败，排外运动出现，甚至因连续被西方列强及后来（一八九四年）的日本打击而变本加厉。推翻满清后，「救国」的口号鼓动和突显强烈的民族情绪，因此，排外情绪具有反帝国思想的特质。随着朝廷经验严峻的时刻，排外情绪同时达致高峰。当局应用一种为世界各地熟悉的政治分散手法，刻意强化排外情绪，来分散国民对内部危机的注意。一九零零年夏天发生的事件，正是这现象的清晰例子。
秘密社团
秘密会社的起源可追溯至清代较早期的历史，在反社会团体中构成最有组织的异见势力。反社会组织的其它组成部份，就是那些有别于法律的规定，例如土匪、流氓、异见绅士等。谢里登·狄隆提供一张清单，列出一八四零年至一九五零年间在中国运作的二百五十一个秘密社团。
地方土绅察觉到秘密会社和基督宗教是同样危险的：两者都被视为离经背道，最终为政权构成威胁。有些人甚至把教会视为秘密会社。某些历史学者认为，基督徒当中也有些人是来自秘密会社的。另一方面，秘密会社受到民族思想推动，往往视基督徒为洋人的盟友，所以是他们的敌人。因此，传教士相信反基督徒的失序经常受到秘密会社影响。