1938年九月二十一日，能仁头痛。但还能弹琴，写信。次日，头痛转剧。他患了恶性脑疟疾。保山无医药可治，昏迷了两天，于九月二十五日去世，年仅五十二岁。安葬在保山附近的一个山头上，三十年来，他的心“知在此山中”，以这带山脉为家。
栗僳人待富能仁亲如家人，称他为“三哥”，因为他在家中排行第三。称宣教士为“老师”。
能仁不修边幅。他在山中穿的是工人一样的衣服。到聚会的时候，换上中国长衫，翩翩儒者。他的理由很简单：“在陌生的地方，没有人认识我，甚样子根本不要紧；如果在熟的地方，每个人都认识我，看来如何也没关系。”
在那时代的山中，宣教士所遇的艰难难以想象：野人山蛮峦中的瘴气，连华人听来都怕。进入山里，远离文明世界，跋涉劳累，休息睡眠不足，营养缺乏，受蛇虫蚊蝇的攻击；疾病是自然的结果。能仁患过伤寒，疟疾，胃肠病，来势凶猛，几乎致命，但他都恢复了，除了这最后一次，使他进入永远安息。
特别是在早期工作，遭受反对，迫害，是平常事。
有一次，他在一棵看来叶荫美好的大树下祈祷。土人却来抓住他，捆绑在那树上，预备宰杀献祭；原来那是他们所崇拜的“神树”！不了解他们的风俗，差点送了命。
有一次，一个野蛮的克钦人，挥刀霍霍追杀他。能仁在前面跑，那人在后面紧追不舍；能听到追杀者的急促呼吸。那人脱手飞出大刀，掠过能仁的头顶。能仁的腿长步大；但他知道山中野人的耐力，可以跑一整天。他望着前面的青山，以为那就是他埋骨之地。他冲过了一片丛树，力尽倒在地上。只听见那人不住的咒骂，声音渐远渐弱。他昏了过去。醒来的时候，仰看白云在天上飘移，一切是那么绝对的宁静。
能仁去世后，富夫人洛西，带着两个小的女儿，乘船去烟台。她关在舱房里，陷入深沉的悲哀。忽然，有人来叩门。是一个克钦人。原来他就是那个曾追杀能仁的人，现在已经生命改变了，成为基督徒。他特地来送行。
能仁留在山中，千万的信徒，和自立自养自传的教会。他从起初就立定原则，不与玛门同工：栗僳文的圣经，福音书，诗歌，教本，和以后的福音杂志，都是要他们出钱来买；他知道他们穷，可以合买；穷，更要积钱。他不出钱帮助盖教堂；那是信徒爱心的事奉，人工，材料，都是他们的奉献。教会的牧者，没有谁是为雇价工作；他鼓励宣教，是教会自己差遣宣教士。西方的宣教士们，是教导的“老师”，但绝不是教会的主人。教会属于主。信徒要圣洁。
这聪明的工头，在盘石上立下了坚固的根基。教会经过了战乱，困难，仍然繁荣，滋长，达到几十万人。好些村子里，全是基督徒。
在缅甸，也有栗僳教会。他们在贫穷中，仍然差遣宣教士出去，帮助别的部族。他们的聚会过后，信徒列在路边，一一与牧者握手，等牧者去后，他们才散去。在许多年后，他们仍然记念富能仁：在他们中间劳苦播下福音种子的栗僳使徒。