莫高乃距比太止那约十五公里，方济和陪同他的人骑着骡子上路了。那天的确很辛苦。于1603年兴建的会院，坐落在远离村庄的一个山谷中。为去那里，需要穿过一条崎岖坎坷的小路。到达会院，已是中午了。令方济惊喜的是：为他开门的竟是自己认识已久、并启发自己圣召的加米录兄弟。
方济各会热情的待客之道是众所周知的。院长神父很希望方济他们尽快恢复体力。方济获特许得以在会院内四处游走，为熟悉这一未来的家。整个会院的气氛是那么地宁静，连人低声说话也能听得到。
当天下午，方济应参加考试。在正式接纳新会士之前，修会愿意检测候选人理智的培育程度。因为在初学之后，他们还要继续高中的课程，因此必须有一定的文化基础。方济考得不错，院长向安哲老师表示对他的成绩十分满意，所以方济被录取了。在叮咛和拥抱后，安哲老师和其他的人踏上了归途，方济则开始了他的隐修士生活。
方济是如何度过那离家后的第一个晚上的？我们无可考证，但只要熟悉方济性格的人，便不难推定：离开他深爱的家庭，他一定非常难过。第一周内，方济可以在会院内随意行动，不必遵守团体的作息时间。接下来便是避静，以准备穿会衣，并开始正规的修会生活。一连六天之久，方济应持守绝对的静默，全部的时间只用来祈祷、默想和听一位老神父每天四篇的道理。
1月22日早晨，与其他十二位年轻人一起，在整个修会团体面前，方济举行了充满象征意义的礼仪：“脱下”原来的服装――它代表着过去的生活，而穿上“会衣”――全新生活的标记。
按照古老的惯例，为表示彻底脱离尘世，还要更换名字：从那时起，方济弗哲便成了“比太止那的比约兄弟”。为什么选择了“比约”一名呢？我们不得而知。有人说方济很钦佩比约十世教宗，这不一定是真的，因为新名字通常是由院长来取。取此名很有可能是因为，在比太止那的教堂内保存着殉道者圣比约的遗髑。
在任何修会中，初学期都是一段考验的时期。此时，初学者在体验是否有能力度修会生活并遵守其规章。同时长上们也在观察候选人，是否适合本修会的精神。一般来说，初学期做的牺牲和克苦，甚至多于未来正常的修会生活所要求的。在二十世纪初的方济各修会中，规矩尤为严格，严格得令人害怕。因为方济各会想以此区别于其它修会，直到梵蒂冈第二届大公会议前，他们还总在这方面引以自豪。
比约神父初学时的生活环境是极端贫穷的：他狭小的房屋内，只有一张床、一张桌子、一把凳子、一个洗漱的水龙头和脸盆，没有任何的取暖设备。冬天洗脸是很困难的，因为水龙头滴下的水，会结成一条冰柱。
比约神父的房间是28号，床是木制的，上面铺着一个装满玉米皮的垫子。上床时只应将鞋脱下，睡觉要穿着衣服,并且把宽大的会衣折起盖在腿上。睡觉的姿势是仰卧，不许翻身，双手十字交叉放在胸前，还需将一个大的木十字架系在腰里。
半夜，睡得正香时，会院的钟声便突然响起，所有会士应迅速起床,并赶到教堂去诵念夜祷。半夜里自熟睡中爬起,是最厉害的克苦。祈祷一般持续一个多小时。会士们再回到床上时，已经没有丝毫睡意了；尤其在冬天，夜是那么难熬，走廊及教堂内的阴湿和寒冷，直袭人的骨髓。这样的克苦谁也难以习惯，对于一位十六岁大的孩子，需要怎样的毅力是可想而知的。
凌晨五点是起床的时刻。初学生需要将被子叠好，并将大木十字架摆在床上，然后再跑向教堂。从一个地方到另一地方，总是团体行动：初学生们排着队伍、完全静默地、双目低垂，若有任何的不规必将受到惩罚。
一天包括祈祷、工作和学习：直到八点，初学生们都在教堂内默想、望弥撒和感谢圣体；其次去餐厅用餐；随后导师为他们讲解会规；十一点打扫卫生；十二点午餐，之后有半小时的集体散心，边走路，边高声祈祷；自下午两点半至五点学习；接下来两个小时工作，全是在静默中完成；七点再回到教堂默想、念玫瑰经；八点晚餐和紧接着半小时的娱乐，此时可以讲话；九点休息。
每周星期一、三、五，全部会士做“补赎”：晚餐后，各自回到房间将灯熄灭，用一根粗造的铁链，抽打自己的肩膀。
会士们的穿着，在二十世纪初已减少到不能再少了：会衣下只能穿一件由粗麻织成的衬衣，脚上仅穿一双凉鞋，冷时极冷，热时极热。
饮食也是不富裕的。这些年轻人在家里时，尽管吃得简单，但毕竟很丰富；可在初学院内，饮食的原则是：离开餐桌时还想再吃。因此，饥饿每天在可怕地折磨着每一个人。
即使如此，还需要遵守某些特定的斋戒：初学生全年的每个星期五，应守大斋；遵守圣方济各为孝爱圣母而定的“蒙祝福者的斋戒”，即自6月30日至8月15日守的斋戒，还有将临期的斋戒、四旬期的斋戒等等。在圣母、修会圣人以及圣周五，除了斋戒之外，初学生还要跪着用餐。
跪着用餐的克苦是常有的事，或许是为了压伏年轻会士的骄傲。
每天在餐厅内，坐下用餐之前，初学生们应该双膝跪下，其中一位负责高声向院长说：“请祝福我们”！若院长回答：“我祝福你们”，初学生们便起来用餐；若院长不回答，那么，他们应跪在地板上，直到院长让他们起来。也出现过这样的事：院长用餐后和其他会士都走了，仅剩下了跪在地上的初学生们。
初学的确是极困难的一年，但比约神父曾以最大的投入去生活。然而，以他那纯朴的精神，也未免有时觉得过分。回忆起那段时期，不免带着批评。他说：“一天，吃饭前求院长祝福的差事，落到了我的同伴――一位二十岁的拿波里人身上。那位初学生很负责任，他大声说：‘请祝福我们’！然而，院长并未回答。那时，我们只得跪在地上而不能吃饭。过了一会儿，我那位同伴，彻底失望了，他生气地大声喊道：‘在拿波里，为看疯子，还要付10块钱，在这里却是免费的！’”
对比约神父来说，他也同样不赞成初学期间不让读书的规定。他回忆道：一年后，应该从头开始，我早已忘光了以前所学的。那种教育体制是完全可以改善的。因为一年中既不许读圣书，也不许读其它的书。初学生们可以读的，仅有十五页左右的东西；周而复始，只有这些。比约神父还抱怨衣服的分配，根本不管每人的身材：不论大小、肥瘦，每人一件，有时根本就没办法穿。
然而，这些不完善之处，并未影响比约神父深湛的灵修生活。他的一位初学同伴朱莫兄弟，留下了这样的见证：在读完默想材料后，那是关于耶稣苦难的，比约兄弟久久地跪着，眼里流着泪。有时为延长祈祷，他便请求豁免娱乐、散步和晚饭的时间。
另一位同会弟兄柏拉道记述：比约兄弟边默想，边流着泪，泪水在木制的地板上滴了一片。有时别人会因此和他开玩笑；后来为避免这样，他将手帕放在地上以接住眼泪。
一年之久，比约神父应该没有和家庭联系过，或许他写过一两封信，谈到这些，他说：“我几乎要忘记怎么执笔了！”
初学年快结束时，比约神父的母亲来看望他。她步行了几十里路，并带着亲手做的方济曾最爱吃的蛋糕。在会院的客厅等了一会儿，方济于另一位会士的陪同下，走了进来。
妈妈急忙迎向离别已久的儿子，为亲吻他。可是，目光下视、双手交叉着垂在胸前的方济，却立刻躲开了；他对母亲的热情似乎无动于衷。随后，母亲将以全部爱心准备的蛋糕递给方济，但他却又拒绝了，口里说了声“谢谢”；说话时不带丝毫感情，连眼睛都未抬起。
方济的这种态度令妈妈难过极了。她边哭着边往回走。一到家，便将发生的事，告诉了刚从美国归来的丈夫。格拉爵想：可能方济由于受刺激，才失去了对家人的爱。于是立刻动身赶往莫高乃，准备将儿子带回家。一见到方济瘦弱苍白的样子，父亲吓了一跳，遂即对旁边的人说：“这还是我的儿子吗？你们把他都弄成什么样子了！”院长神父需要长久而耐心的解释，告诉父亲：方济的健康状况良好，他之所以这样对家人保持距离和冷淡，只是为了遵守规矩。
后来，回忆起这次与父母的会晤，比约神父说道：“我禁止自己在未获批准的情况下和亲人谈话并注视他们……，父母认为我变傻了……，其实我多么愿意扑在他们的脖子上亲吻他们呢！”
1904年1月22日，初学年结束了。在一种庄严的礼仪中，比约兄弟与其他几位同伴一起发了暂愿。当时，他的母亲在场，还有长兄弥格和叔父。发愿三天后，会士们应离开莫高乃,到皮亚尼西的圣厄里会院学习。