1899年9月27日，方济弗哲在当地主教的手中领受了坚振圣事，那时他十二岁。他是否在同一天初领圣体，我们不得而知，但可以确定的是应该在同一年，因为那时按教会的规距：在十一岁前是不准领圣体的。有几次，方济在奶奶的陪同下要求神父领圣体，然而尽管神父深知方济的品德极好，却也不得不顾及教会的传统。
方济的父亲格拉爵本人虽是文盲，却不愿孩子们长大后像自己一样，因此他试着鼓励每个孩子去读书，连长子也不例外；实际上，他并未成功。父亲对方济也做了同样的尝试，他重复说：“如果你读得好，我会送你去修道。”当时，在乡下或偏僻的农村里，穷人家的孩子一般不会去读书的，除非准备将来做神父或会士的。方济非常高兴开始踏上了这条路。
由于家里农活的需要，方济不能按时上课，他只能根据自己的可能，借某些机会跟几位老师学习。他的第一位老师高西莫，是他家的一位亲戚，仅读过小学五年级。第二位老师叫曼达陡。第三位则是一位叫道明的神父，在他的指导下方济完成了小学的课程。
1901年，方济十四岁时，认识了安哲老师，他不仅思想先进，且是一位坦诚忠厚的人，也非常负责任。方济很喜欢跟他上课。于同年7月5日，方济给在美国的父亲写信说：“现在我有一位新老师，他使我每天都大有进步。为此，无论是我或者妈妈都特别高兴。”所有关于方济读书的资料，都证明他喜爱学习且成绩优秀。
方济和安哲老师的感情很深，即使后来从会院往家中写信时，也总请人代向老师问候。1919年5月11日，已经印了五伤且已很知名的比约神父对老师写道：我的健康状况良好，使我非常挂虑地却是那成千上万来办告解的人。我在天主前所做的卑微祈祷中时常惦记着您，唯有天主知道何时才是我们彻底悔改的时刻。我将非常高兴，若能在这里见到您，而且最后一次拥抱您，因为我事实上已不可能再有机会回家了。请问候大家，我自内心拥抱你们，并祈求在天主恩宠的助佑下能恒心到底。
安哲老师满足了学生的愿望，他曾几次到罗同道看比约神父。他于1944年去世，享年七十五岁。
方济小时，便开始想做会士。他的母亲、本堂神父、安哲老师都支持他的想法。其实，要做方济各会会士的选择，是来自他与加米录兄弟的认识；后者是莫高乃会院的一名年轻方济各会士，他常经过比太止那，其谦卑简朴的形象深受大家的敬佩。
1902年春，方济的一位叔叔柏诺，便请求总铎巴奴娄神父，为方济入会的事，写信给方济各会的省会长，省会长的答复是：当前莫高乃的初学院人数已满。
于是，叔叔柏诺便建议方济入另一个修会，如童贞山的白衣会、圣母圣殿护守会、救赎会等等。方济打听了一下，这些修会是否允许留胡子；因为不允许，他说：“不，我要做一名留胡子的会士，像加米录兄弟那样。”
1902年秋，方济收到了另一封信：方济各会的省会长通知他，在莫高乃的初学院有了一个空位，而且直接为他确定了入会的日期，即1903年1月6日。因此，巴奴娄神父便着手为方济办理必要的手续。然而，就在此时，突然收到了一封匿名信，信中告发方济在和比太止那站长的女儿谈恋爱。
于是总铎大怒，立刻通知有关人员停办所有材料，并将方济召来，不容分说便解除了他在教堂内的一切职务。因为他原是辅祭班中最虔诚的，可是，从此人们再也见不到方济服务弥撒了。人们开始询问到底是怎么回事？同时，总铎及其他司铎也展开了调查，终于水落石出：原来是方济的同伴――另一位辅祭员，由于嫉妒神父们对方济的重视，而故意对他捏造的控告。
总铎请方济原谅，让他重新回到辅祭班内，并再开始办理入会院的各项手续。
方济的圣召也很戏剧化:一方面他听到天主的召唤，另一方面也预感到将来要面对的困难，他踌躇不定;同时还有一些超自然的显示令他困惑。在1902年12月的最后几天，当他正思虑这事时，得到一个神视，这是他在多年后，亲自对神师描述的，他用的是第三人称：
方济看到：在他面前有一位光辉四射、美丽异常的人，那人拉着他的手鼓励他说：“和我一起来吧，因为你最好要像勇士一样去作战！”随后方济被带到一个辽阔的、两军对垒的战场：一方是穿着白衣的、面容俊美的人；另一方则是穿着黑色衣服、站在黑暗中的、相貌丑陋的人。
方济站在两队中间，这时，在他面前出现了另一个个子极高、直顶云彩的、无比丑陋的人。那位发光者劝他与面前的那位巨人搏斗，而胆怯的他却只想逃跑，发光者并不同意：“你那样做是没用的，必须和他开战，勇敢地冲上去，而且在战争中要充满信心！我就在你身边，我会帮助你的，绝不允许他伤害你！”
搏斗开始了，是那么地激烈。在身边那位发光者的帮助下，方济终于胜利了。巨人被逼无奈，只得步步倒退，一直逃到那群丑恶的人们后面。他们一起诅咒、喊叫；而阵地的另一方，却向帮助方济战胜的那位鼓掌欢呼。
比阳光还强烈的那位，为方济戴上一顶极其罕见的冠冕，其美丽无法形容，但很快那人又取下了。他解释说：“还有一顶更美丽的冠冕已为你准备好了，如果你懂得跟刚才的巨人作战，他还会常来袭击你的……。勇敢地去战斗，而且不要怀疑我的帮助！不要害怕！我将离你很近，我时常会帮助你，使你百战百胜！”
从此可以明白，为什么在这位超乎寻常的人身上，总寓居着一种常人理性难以解释的“力量”。在后面的篇幅里，我们将记述一些有史可考的、最确切的资料作为见证。
1903年1月3日，比太止那的村长为方济弗哲开了“道德政治生活操行鉴定”；5日教区主教公署也将入修会的“同意书”发给了他。
一天天过去了，方济一想到要离开如此爱恋的家庭，便感到非常痛苦。多年后，回忆起这个日子，他在写给神师的信中说：可能没有人相信，最大的痛苦，莫过于离开自己所爱的亲人们了。那种痛苦深入骨髓，它真的让人难以承受，就像我离开家的那天所体验的，这种感受还在继续。
在1月5日至6日夜间，方济得到一个神视：他看到耶稣和圣母鼓励他，并许诺一直要保护他。
1月6日主显节弥撒后，回到家里，亲戚朋友们都来为方济送行。他一一拥抱，最后跪在母亲前，请求她祝福。在安哲老师和本堂神父的陪同下，他动身上了去莫高乃会院的路。想到那即将离别的故乡，方济激动地哭了。他说：“我知道妈妈是如何地难过！我记得动身的那天早晨，妈妈对我说：‘孩子，我的心快要碎了！但是，既然圣方济各召唤你，你应该去！”