我们前面已略林业提过，文艺复兴对灵修的影响比我们想象中的较小；但对于整个教会而言，它的影响似乎破坏多于建设。雷霍斯和艾拉斯所发动的新思潮，从来不曾成功地摆脱中世纪灵修的大流；反而，十六世纪灵修的主流人物，却表现了忠于传统的精神，他们更进一步发展，源于隐修传统的心灵祈祷的方法。这种情形，在圣依纳爵罗耀拉(St. Ignatius Loyola, 1491——1556) 和西班牙灵修学派尤其显著。
事实上，圣依纳爵对灵修的两大贡献使后世得益不少，他使灵修练习臻于完善，并给教会留下一个新宗教生活模式。依纳爵1491年生于巴士格的贵布之高省。1521年，他在一次保卫班洛那抵抗法国侵略的战役中，左腿受伤，不得不从此结束军旅生涯。在疗养期间，似乎因为阅读撒逊卢道夫著的「基督是生活」和韦罗真雅各伯著的「金色的传奇」，开始有归依的倾向，经过一些踟躇、犹疑和怀疑，他开始寻求天主对他的计划。
依纳爵曾接触过好些不同的修会团体。最初他曾想过加入嘉尔笃会。他有很多亲戚是属于方济第三会的，有位堂姐妹是贫穷佳兰会一间隐修院的创办人。他在曼肋沙的道明会住了很长时期，那里的院长是他的神师。难怪后来有一群道明会士，曾为耶稣会的核准出力，并多方为他们辩护。不过，对他的帮助最大的还是在曼特的列的本笃会士。很可能，依纳爵是在此处首次接触新式虔敬的思潮和嘉西辛乃罗斯的灵修操练 。在天主的启导下，依纳爵完成了「神操」的初稿；1534年他在巴黎作了修订，终于在1548年，神操获得教宗保禄二世的核准。
圣依纳爵指定灵修操练的时期是四周，不过，神师可以按退省者的实际需要而加长或缩短。本来规定每一位退省者由一位神师指导，不过，到了1539年，耶稣会士开始领导一群人作灵修练习。同样，最初规定退省者的条件必须是有善意的天主教友，有意更虔诚地事奉天主，有足够的灵修背景；后来，准许更广泛的信友使用神操。圣依纳爵在本身操的序言中所写的二十题注释助退省者净化他的灵魂，以便辨别他的圣召和忠实地实行；准许个人的自发性，这样退省者可以在受感动时，放弃漫无目的的遐想而学习祈祷；尽可能严格遵照神操所编排的程序和方法，不过应按退省者的生活背景、年龄、健康、学识而作必须的调适；警告神师不要过分干预或试图影响退省者的选择或决心。
一开始，圣依纳爵鼓励退省者培养对受造 的事物，保持神圣的冷漠。他说人受造是为了赞美、恭敬和服侍天主，并借此而救自己的灵魂，一切受造物都是为了让人用来达到他受造的目的而造的。因此，只要受造物有助于人达到最终的目标。要应该尽量使用。相反，如果它们妨碍他达到目的，他应该尽量摆脱它们。在第一星期内，他坚持退省者所做的一切，应该是为了服务和赞美天主而做。愈显主荣，这个思想 变成了后来的耶稣会士的座右铭和依纳爵灵修的特色。
接着圣依纳爵列举第一周默想的主题；罪与地狱。他建议退省者动用三种能力俩对付这个主题，那就是：会议所针对的那个罪行，尽量利用空间的结构；然后运用智力反省这事；最激发意向，在默想时，特别加上良心审查，圣依纳爵认为这对于灵修的进步和默想本身同样重要。在第一周的材料后面，他加上十条「附注」，提醒退省者应注意的事项，例如：举止行为、补赎等。
第二周退省者默想基督的一生，直到他受难之前荣进耶路撒冷时。第二周的目标是选择如何回应体制天主的召唤，这可延长至十二日。第一天退省者比较忠诚的臣民对一个仁慈和民主的君王的回应，和基督徒对基督君王应有的回应。接着他列举首三天的默想材料。第四天，圣依纳爵介绍基督和路济非亚的「两个标准」的比喻，他说基督要带领所有的灵魂达致精神的——甚至实在的——贫穷和甘受轻视和卑下的境界。从第五至第七日，再度默想基督的一生，之后，圣依纳爵解释三种不同的谦虚：为哦救恩所必须的、跟完全的和最完全的。
到了第二周末，退省者应该作出选择，当然这选择应该为体制天主的光荣和灵魂的救恩而作。如果选择与个人的圣召或其他作决定的事无关，退省者的选择最好是关于个人生活发革新或某些属于个人当时生活状况的问题。不过无论怎样，天主的光荣必须是作选择的首要条件。
第三周的默想题目是基督的苦难与死亡这样，退省者可找到忠于基督的动机，同时也能祈求实现他的选择所需的恩宠和力量。神操这个特别的部分，最后以饮食斋戒的规则总结。在此我们可以看到圣依纳爵对于补赎的态度是多么谨慎，他要求退省者想象基督对于饮食方面会怎样做，然后仿效他。
第四即最后一周包括默想基督基督复活后至升天期间所发生的事件，此刻重点不象上周那样，放在刻苦上面而在强调克己和节制。圣依纳爵接着提议一些默想大纲，目的是在爱中培育个人成长,同时十诫和根据十诫作自我反省、省察大罪或灵魂与肉身的种种能力；默想经文上的一个字，直到从中获益，才接着默想另一个字；或者，第三种是在一呼一吸间，默念一字，或按自己的方式，念天主经或圣母经。
最后，圣依纳爵详列辨别神类的规则，这对于退省者和神师同样有价值，特别适合在退省的第一、第二两周阅读。然后是施舍的规则，和耶稣会最著名和最特别的名誉教会一同思想的规则，最后一部分是针对犹疑不定的心态而写的。
从一开始，神操已是抵抗文艺复兴的异教主义和路德教派的宁静主义最有效的武器。许多天主教神职人员及修会人士都得到更新，而神操也得到路易斯、圣查理斯保路民、圣云先等人的支持。1920年教宗本笃十五颁布圣依纳爵为圣依纳为退省主保。1948年教宗比约十二也宣布「圣依纳爵的神操永远是使世界精神重生最有效的工具，不过，条件是他们必须时常保持正统的依纳爵精神。」
圣依纳爵总不忘记强调人必须尽全力与天主的恩宠合作；他也强调人在恩宠之内的成长，是由于天主的工作于人自己努力。因此他坚持祈求体制天主助佑的重要性，不过因为他那个时代的灵修气候，他也鼓励个人与恩宠合作。因此，依纳爵灵修绝不容忍消极主义；这是一项内心的战斗，是人与他自己的罪和他最主要的过错搏斗的战事，清理他自己，好使圣神能在他之内行动和从事使徒工作。
字十六世纪以来，圣依纳爵对于基督徒的灵修的贡献，历久不衰，例如：灵修或退省的练习；练习心灵祈祷的一个有效的方法；普遍的特殊的良心省察；认识克制苦修的需要，应该应个人的健康和客观的条件；
神师的重要性；提倡使徒工作是所以基督徒的责任的神学；宗教生活适应时代的需要等等。
关于宗教生活的适应问题，圣依纳爵也和圣道明和圣方济一样，是他们自己的时代有创见的修会创办人。他们把隐修士从禁院内的独修生活和体力劳动的苦修生活带出来，派遣他们出去传扬福音。圣依纳爵给教会一种新的宗教生活，以取代小兄弟的隐修习惯、唱日课经、隐修院的礼仪和隐修士克守的清规。耶稣会士没有特别的会衣，只是跟随当地教区司铎的装束；日课经是一个很重要的祈祷练习，不过由会士私下诵念；礼仪应该是灵修生活主要的根源，作一般的和特殊的良心省察，并服从灵修指示。直到二十世纪，早俗的修道团体突然如雨后春笋地冒现，以及在十六世纪至二十世纪之间，有了不少新的团体，明显或不明显地按照耶稣会的模式，纷纷创办起来，教会才蓦然警觉，奉献生活内竟起了如此大的改变。