马黎诺里回到欧洲，孟高维诺在中国的传教事业后继无人，就慢慢消失，当1582年利玛窦第三次将福音传入时，竟没有发现一点元朝天主教的痕迹。
原因主要有以下方面：
1、孟高维诺主教等人的传教范围大多为蒙古人，汉人瘳瘳无几，所以当明朝兴起时，对前朝蒙古人的宗教大加迫害，蒙古人从北京消失，那么由蒙古教友所组成的教会也随之消失，这一点并不难理解。
2、从十四世纪开始，许多蒙古人加入回教，致使回教势力大增，他们关闭了从西方来到东方的途径，明朝又对外实行闭关锁国的政策，以至使北京的教友等待孟高维诺主教的接班人，苦苦等待了四十年，但不是教宗不愿派传教士，而是因为路途遥远，教宗所任命的传教士始终无法达到。无数传教士在茫茫沙漠和大海中，消失得无影无综，所以孤立无援的中国教会，长期缺少牧人的领导，便自然地被窒息了。
3、那时的西方教会情况不尽人意。从教宗格莱孟五世至额我略十一世，先后七位教宗充军亚味农（1309－1378）。不幸的是，紧接着双出现了西方大分裂（1378－1417），三位教宗相互绝罚，各有自己的枢机团，直到1417年公斯当斯大公会议，教宗玛尔定五世结束分裂。在此期间教会没有能力向中国派传教士。
4、欧洲黑死病。差不多有160万人丧生，经济衰落，人心惶惶。西方教会人力物力缺乏，顾不上遥远的中国了。明朝对新兴教会大肆迫害，教会又不能自立起来，于是逐渐消失。
二个世纪之后，发现了好望角，教会才能将福音第三次传入中国。