一、杨光先教难
大清顺治皇帝1661年去世，年幼的康熙帝继位，由其叔叔辅政。当时任钦天监监正的杨光先上书控告传教士历法错误，辅政大臣们对教会没有兴趣，于是兴起了长达六年之久的教难。汤若望和南怀仁神父也被捕入狱。汤若望被判凌迟处死，当时北京发生地震，皇宫发生火灾，大臣们于是上奏皇太后，释放汤若望以平天怒，但汤不久就去世。
汤若望：德国人，1622年来华传教。熟知天文，1668年1月26日在广州与其它23位传教士决定选圣若瑟为中国教会的大主保。
二、南怀仁神父
1666年康熙亲政，命南怀仁神父与杨光先同时算天文历法，南怀仁神父了取胜，于是康熙下令将杨光先贬回老家，认命南神父为钦天监监正，负责天文事宜。
南神父（1623－1688）耶稣会士，1659年来华。
南怀仁神父对中国教会有一个很大的构思，他提出为让更多的人皈依，须有三个条件：
A、兴办学校：南神父认为耶稣会在中国应向在欧洲一样兴办各种大学，从而将天主教的酵母渗入其中。但是由于中国时局不稳，人才缺乏，外国传教士又不能自由进入中国，这项计划遂落空。
B、培养本地圣召：这是一个非常好的设想，但是困难重重。当时中国的习俗多数人在儿时便已订亲，而解除婚约对女方来说是一种极大的耻辱。所以如果经长期栽培，然后再晋升铎品者数目微乎其微。耶稣会士于是主张，某些独身者和丧失配偶的成年人，已经很长时间度教友生活且有良好的表现，大概可以保证德行坚强，不致朝三暮四者，可晋升铎品。但问题是这样的人大部分年龄偏大，记忆力不够灵活，怎么样学习拉丁文呢？南怀仁于是上书教宗请求允许中国神父用中文来举行圣事，但未获批准。1669年教宗亚历山大七世，恩准可以给中国成年人以铎品，既使他们拉丁文不够精通，能举行圣事即可。
C、出国培训：为更好地培养中国神职人员，传教士于1665年在泰国曼谷办圣若瑟修院。但由于条件有限，能出国接受培训的毕竟是少数，且由于水土不服，出国的青年死亡率很高。
三、中国第一位国藉主教－罗文藻（1616－1691）
罗文藻生于福建福安一个佛教家庭中，1633年领洗入教，1650年加入道明会，1654年晋升铎品。在杨光先教难中，罗神父来德语往于福建、浙江、江西、山东、山西等地传教，付洗2500多人，功绩卓著，于是各修会上书罗马推荐罗神父为主教。
1674年罗神父被教宗格莱孟十世认命为南京代牧区主教，但受到道明会马尼拉省会长嘉德朗神父的反对。未将认命书交给罗神父。他反对的理由有二：一是罗神父文化修养不深，不能胜任。二是罗神父在中国礼仪方面倾向耶稣会士。
十年之后，1685年教宗依诺森十一世命令北京伊大仁主教在广州祝圣罗文藻。1690年南京正式成立教区。
罗主教在被祝圣后六年间，为教会的事业不辞辛苦到处奔波。1688年他祝圣了三位中国神父。他们是吴渔山（画家）、万其渊和刘蕴德。罗主教死前委意大利余神父做为教区管理人。
礼仪方面罗主教主张中国人用中文举行圣事，并指出强制性执行礼仪禁令，会给中国教会带来不可弥补的损失（当时礼仪之争刚刚开始）以后的事实证明了罗主教的光谏之明。
反省：
虽然当时中国只有一位国籍神父－罗文藻，但是两位教宗都坚持祝圣他为主教，可见教宗对中国教会的关怀，尽管遭到了当时道明会马尼拉省会长嘉德朗神父的反对，但他并不能代表整个教会的西方传教士。
四、康熙皇帝与中国礼仪之争
礼仪的问题不单在中国，在亚洲其它地区如日本、印度教出现过类似的问题。16世纪以来，欧洲传教士开始在亚、非、美传教。他们首先要面对的问题就是将福音渗入到当地人的生活之中。当时美、非等地属于土著部落，没有古老的文化，很容易使他们接受福音。但在亚洲却不同，它有着悠久的文化和本地的宗教。那么如何在多元宗教、文化的环境下传福音确实是一个非常大的挑战，不同的传教士采用了不同的传教方法：
耶稣会士的适应方法：接受本地文化的价值，然后使之基督化努力
道明会、方济会、奥斯定会、巴黎外传教会方则主张皈依，强调为得救，必须与以前的生活绝缘，完全更新自己。
二种不同的传教方式，相互之间难免发生磨擦，这为以后的中国礼仪之争埋下了种子。
（一）、争论的过程
1631年道明会从马尼拉进入中国传教。1632年方济会来中国传教。
他们不满耶稣会士允许祭祖、敬孔的做法，认为耶稣会士崇拜偶像、鼓励异端。于是派道明会黎玉范神父为代表于1643前往罗马，控诉耶稣会士。当时教宗为依诺森十四世，他根据黎玉范的报告，下令中国教会禁止敬孔祭祖。
耶稣会士派卫匡国神父到罗马申辩，教宗亚历山大七世于1656年宣布，如果敬孔祭祖只是俗礼，并夫宗教色彩，可以实行。通过此我们可知，罗马方面对敬孔祭祖问题并不十分了解。二派争执不下，教过无奈成立专门委员会研究中国礼仪问题。
教宗格莱孟十一世于1704年颁布命谴责中国礼仪问题，主要有三点：
只可用“天主”一词称呼“God”不可用“天”和“上帝”。
不得摆放灵位，不能上香。
不能参加拜孔的礼节
这一禁令在中国教友中间引起极大反响。不祭祖被视为不孝，不敬孔则不能升官进禄，教宗也意识到了问题的严重性，二是两次派遣使节调解此事。
1、多罗使节
1703年多罗使带着教宗的诏书来华，1705年到京，到中国后他正式宣布了教宗的禁令。
多罗到中国后，错用了马黎外方传教会会士，时任福代牧的颜铛做翻译。此人中文并不是太好，遭到了康熙皇帝的反感，康熙言中文都讲不好，怎能谈中国的礼仪呢？后来当康熙得知多罗来京是为了禁止中国的礼仪，大为不悦，将多罗与颜铛驱逐，并派使节到罗马申辩。
1706年多罗到达南京时，宣布：“中国的传教士都应按教宗的意愿去做，自作主张者，不按教宗的意愿去做应受弃允重罚，重罚的赦免权由宗座和特使加以保留”。康熙大恕，宣布从此以后，在中国的传教士必须遵行利玛窦的传统，允许祭祖、敬孔。领票并永久居住中国，违者驱逐。并下令拘捕多罗，押往澳门。
澳门总督奉国王之命拘留了多罗，理由是多罗未照会葡萄牙国王，澳门的主教也认为多罗可疑，命他交出教宗的诏书，多罗拒绝，于是澳门主教也同意拘捕。为此教宗向葡萄牙国王提出强烈抗议，并于1707年提升多罗为枢机主教，多罗至死未向葡萄牙屈服。
2、嘉乐使节
教宗格莱孟十一世于1719年第二次向中国派使节，嘉乐总主教于1720年到达北京。
背景：1715年教宗颁布召谕《自登基之日》重申1704年的禁令，并命令所有在华的传教士一律服从，否则开除教籍。会士们无奈只好遵行，这更加激怒了康熙皇帝。于是1717年康熙宣布禁教（康熙在位六十一年，五十六年善待了教会）。这样一来，教会丧失了皇帝的保护和支持，再加上教外人的仇恨，迫害教会之事屡见不鲜。
嘉乐使节到北京后，发现康熙皇帝态度十分强硬，一直不敢明言自己的意图的目的。同时他发现执行礼仪禁令，教会将面临严重后果，但他同时承认他无权废除召谕。于是他采取折衷办法，颁布了八项准许，内容如下：
准许教友在家中供奉祖先牌位，牌位上只许写祖先姓名，两旁加注天主教孝敬父母的道理。
准许中国对亡人的礼节，但这些礼节应是非宗教性的社会礼节。
准许非宗教性的敬孔礼节，孔子牌位上不书“灵位”等字也可供奉，且准上香致敬。
准许在改正的牌位前或亡人棺前叩头。
准许在丧礼中焚香点蜡，但应声明不从流俗迷信。
准许在改正的牌位前或亡人棺前供陈果蔬，但应声明只从社会礼节不从流俗迷信。
准许新年或其它节日在改正的牌位前叩头。
准许在改正的牌位前焚香点蜡，供陈果蔬，但应声明不从流俗迷信。
这八项准许总结一点就是，关于敬孔祭祖，只要声明不从流俗迷信，就可行之。但这项准许并没有在宗教性与社会性、迷信与非迷信之间做出评断。因此未能给中国教会带来平安。由于传教士的观点和想法不一致，对敬孔祭祖采取的方法也大为不同。
1721年嘉乐主教请求回欧洲复命，从澳门起运多罗枢机的棺材前往罗马。1741年去世，之前也被提升为枢机主教。
这次出使未能成功。
（二）、争论的结束
为彻底解决礼仪之争给中国教会带来的混乱局面，教过于1735年任命了一个由十余名枢机组成的委员会，彻底研究敬孔祭祖的问题，共审察了七年时间。
教宗本笃十四世于1742年颁布“自上主圣意”通谕。争论从此结束。教宗重新肯定了1715年教宗格莱孟十一世的“自登基之日”通谕，并将嘉乐使节的八项准许废除。清政府也不相让，严禁传教，直到1846年。中国的礼仪之争至此结束，此禁令1939年由教宗比约十二解除。
反省：
礼仪之争和教廷所做出的禁止敬孔祭祖的规定，大大打击了中国的教会。许多上层人士不能进入教会，使16、17世纪欣欣向荣的中国教会变得死气沉沉，毫无进展。
但是从另一角度来看，中国的礼仪之争也不无它的历史价值。那就是中国教会近三百年的痛苦经历（1645－1939）没有白白付之东流，而是给普世教会的发展提供了富贵的经验。促使教会在处理各国的礼仪问题方面更加成熟，这一点我们可以在“梵二”的《礼仪宪章》中看出。（参37号）。
礼仪之争的关键在于，教会当局始终把礼仪看成是教会内部问题，教会有权规定礼仪而康熙则认为自己是天子，不允许别人对中国指手划脚。
五、百年禁教时期（1723－1846）
1、 雍正皇帝对教会的仇恨
1723年雍正继位，他严行康熙的禁教命令，变本加厉地迫害教会，除极少数传教士在皇宫供职外其于的皆被放逐或危害。如穆敬远神父被放逐西宁并被杀害。好在雍正王在位时间不长，仅十三年。
“圣家书院”：由于康熙末年和雍正王朝严厉的禁教，在中国培养神职人员已经成为不可能的事情。意大利耶稣会士马国贤神父鉴于此于1723年带领中国的四位年青修士到意大利的拿波里，征得教宗格莱孟十二的同意后1732年正式成立“圣家书院”，专为培养有致于到中国传教的远东人士。1868年此书院被意大利政府所没收。（参考罗马问题）。共办校136年，期间培养了中国留学生109位、意大利人191位、土耳其人67位。为中国教会的传教事业贡献良多。
2、乾隆治下的天主教会
乾隆皇帝1736－1796年在康熙喜欢西方科学，乾隆喜欢西方艺术。他请郎士宁修士（画家）在皇宫为他服务。例如圆明园是耶稣会士所设计，中西合璧。所以他对教会的态度时好时坏，一方面他不象他父亲那样厌恶和迫害天主教会，另一方面他也不允许自由传教。他任期内，教难事件比较复杂，当地官吏对教会的态度有时起决定性作用，这种情况与罗马帝国第二世纪教会的情景相类似。
乾隆末年，教友的人数约15万，比康熙去世时减少了一半。
附：韩国教会
当时的高丽是中国的属国，也实行闭关锁国的政策，西方传教士多次试图进入韩国传教，均未能成功。高丽是中国的保护国，因此每年都要进京朝贡，朝贡之人在北京结识了耶稣会士。1784年一位姓李的使节在北京领洗入教，成为高丽第一位信徒，1795年他邀请周文谟神父（中国人）到韩国传教。1801年有教友1万，今日韩国教友约占全国总人口的十分之一。
3、嘉庆治下的天主教会（1796－1820）
清朝皇帝对天主教会的认识可说是每况愈下，嘉庆皇帝对天主教一无所知，对西方的科学和艺术也毫无兴趣，因他的无知使他对教会的态度分为两个不同的阶段。前十年他放任不管，后十五年则是残酷地镇压与迫害，严禁传教士入内地传教，违者格杀勿论，可说教难不断。
“四川会议”：
四川省的宗座代牧徐德新主教为解决云、贵、川三省因教义、教规和礼仪方面出现的一些误解、矛盾举行了中国教会历史上第一次著名的“四川会议”。
会议于1803年在黄家坎（在重庆西南25华里）召开，共有14人参加了会议。会议统一了西南三省的教义、教规和礼仪并制定了适合中国情形的教会法。会议后将议案呈报罗马，教宗比约七世认为可以实行，下令中国各省和韩国等教会应一律遵守。
4、道光皇帝与教会（1820－1851）
道光继承了前四位先帝的遗志，但态度与先帝嘉庆却不同。道光皇帝较温和，天资聪颖对教会采取较为宽容的态度。但在他统治前期（前20年左右）还是出现了诸多地区性的教难。董文学（法国遣使会会士，中国教会第一位列品圣人）就是在他任内致命（1840年在武昌受绞刑）。
但总得来说，道光期间教会还是有所发展。且耶稣会又得以再次进入中国。（耶稣会1773－1814年被解散，参西方教会史）