普世教会要理在谈教会的本质时，有叁个主要的介定：第一个，教会乃天主的民族；第二个，教会是基督的身体；第叁个，教会是圣神的宫殿。前面两个我们都谈过了，今天我们来谈第叁个：教会是圣神的宫殿。
圣保禄致格林多人前书第六章十九节说：「你们的身体是圣神的宫殿」。教会既然由基督信友组成的，所以教会必然也是圣神的宫殿。圣奥斯定在他的讲道中曾说：「我们的心灵之于我们的肢体，犹如天主圣神之于基督的肢体，之于基督的身体，也就是教会」。庇护十二世教宗在他的《奥体》通谕中也说：「基督奥体中的各肢体之所以彼此结合为一，并与他们最高的头结为一体，这该归功于一个隐含不见的原动力，即基督的神，因为基督的神完全存在于头内，完全居住在整个身体里，也生活在每个肢体中」。可见圣神的确把教会变为生活的天主的宫殿。
教父里昂的圣依肋内也有相关的话说：「天主的恩典托付给教会管理，……只有在教会内才得与基督共融。这样的共融是藉圣神而完成的。圣神是生命不朽的保证，是我们信德的证明，是升到天主那里的阶梯。的确，哪里有教会，那里就有天主的神；哪里有天主的神，那里就有教会，也有各种恩宠」。
从教父圣依肋内的话，我们知道圣神和教会是形影不离的。不仅如此，他更在基督奥体的每个肢体中施展具有生命力和救恩功能的行动，他以各种不同的方式，在爱德中建立整个基督奥体：例如藉着具有建设能力的天主圣言；藉着形成基督奥体的圣洗；藉着使基督的肢体成长和痊愈的诸圣事；藉着众恩典之首的当宗徒的恩典；藉着使人按照圣善行事的德行；最後，也藉着各种不同的神恩，这些神恩使信友相称地肩负不同的工作职份，以利教会的更新和建设。
关於上面最後所提到的神恩，它对教会和信友的生活特别重要，必须加以说明。所谓神恩，不论是特殊奇异的，或是一般简的，全都来自圣神，都是圣神的恩赐，都直接或间接具有教会性质的用途，以建立教会，增进人类的益处和配合世界的需要为目的。神恩既然是天主圣神的恩赐，而且是为了教会全体成员，也为了整个人类的益处而赐给的，所以，不仅是领受神恩的人，就连教会所有子女，都必须以感激的心情来接纳神恩。
只要这种恩赐的确来自圣神，只要完全根据圣神的推动来使用神恩，则这些神恩对基督奥体的圣化和使徒工作的活力来说，都是美妙的恩宠宝藏。所谓根据圣神的推动，就是指按照爱德的精神。圣保禄宗徒致格林多人前书第十叁章的主要精神集中于叁句话：爱超越一切，爱是诸德的灵魂，爱永存不朽。所以，爱德是各种神恩的真正尺度，是测试与衡量神恩的标准。
正因为如此，任何神恩都必须经过审核，以辨别真伪和性质。没有一种神恩不与教会的牧人发生关系，没有一种神恩不接受教会牧人的指导。所谓接受教会牧人的指导，意思就是梵二大公会议《教会宪章》第十二节所说的：「辨别神恩的真确性及其合理的运用，是治理教会者的责任，他们应特别负责，不使神恩熄灭，却要考验一切，并择善而固执」。
圣神赐给基督信友的神恩各有不同，但彼此是相辅相成的。教会牧人识别神恩的真伪和性质，目的就在使各种神恩互相合作，以求整个基督奥体，乃至全人类的共同益处。
谈了新编普世教会要理″教会是圣神的宫殿″这一节，现在我们把其中的两个中心思想介绍一下：
第一个，教会是圣神的宫殿。圣神一如基督奥体的灵魂，是这个奥体的生命的原动力；是奥体有不同功能的肢体，却彼此合一，相辅相成的原则；也是教会各种恩宠和神恩的宝藏。
第二个，普世教会是以一个民族的姿态出现在世人眼前的，这个民族是由圣父、圣子及圣神的结合一致而聚集起来的。