既然法国主教们对他推辞主教职务一事表示应当听从教宗的命令。这位谦虚的会士，就决定接受此项任命。但因中国明朝正与满清的人作战，去泰国的路线已经被切断，而无法到那里去接受祝圣，同时罗神父并未把去泰国接受祝圣的事放在心上，他相信主教一职已与自己无关，反而仍然继续他的热诚的传教工作。因此法国主教们以为罗神父不会接受主教职务，所以便报告罗马关于罗神父的呈辞一事，如上所述。
当法国主教们的报告书邮寄到罗马时，教宗依诺森十一世看后认为罗神父的为人是如此的不平凡，便决定对于所请不予批准。于是在一六七九年十月十二日发表：《最近与尔Cumtenuper》谕令，重申任命罗神父为主教的决定。当事人直到一六八一年十二月尚不知道有这个决定。道明会总会长给当事人写信，除通知他这件事以外，还指定一位明智的顾问协助他。同时，也给马尼拉的长上写信说明此事，命他们在罗神父被祝圣后，给他指定一位神学家及明智的同伴，并供给二人生活必需的银两。
到此，罗神父已别无选择，只有接受主教的职权了。然而，因他是位谦虚及明理的会士，乃请教他的弟兄们（道明会士），自己该怎样做。他们都说他有义务要接受这个任命，那是罗马第二次发出谕令，他们虽然看到强烈拒绝的理由，但还是认为应当服从。
于是，罗神父给罗马去信，表示服从教宗依诺森十一世的决定。又说：受了教士们的鼓励，终于克服了自己畏惧的心理而接受主教职位，且声明接受了他认为超过他能力的重任。
为受祝圣，有人给他建议去马尼拉。于是伴同会长阿拉冈神父(P.PedroAlarcón)启程前往。一六八二年底他们到了广州，后来证实他在那年十一月十日在广州给耶稣会神父柏应理(P.FelipeCouplet)写过一封信。从方济各会神父易拔臬(P.BuenaventuraIbáñez)在一六八三年一月七日及二十五日和二月十五日的信上，我们知道罗神父还在广州。同年三月三日他本人才自澳门写信表示，怕葡萄牙人阻挡他去马尼拉。但他终于抵达目的地而未被葡国官员所发觉。一六八三年五月初到了马尼拉。抵达时，受到了主教们、地方首长、市民及会士们的热烈欢迎，他也很高兴地和大家会面。六月四日他已经分别上书教宗及西班牙国王。
在给西班牙国王的信上，已经暗示受祝圣的难处。他写道：“我属于一个进退两难的境遇中，并且很怀疑陛下的首长（在马尼拉）是否给我受祝圣的机会，教宗的谕令是否已经经过陛下的印第安最高咨议处，尚是疑问。”在他受祝圣以前，罗神父便已经开始遇到困难了，因为不但国王的官员反对他受祝圣，甚至连他所属的修会省也反对。乍看起来，他自己的修会省反对这件事似乎使人不能理解。本来修会很看重他应当表示高兴才对，因为有自己的一位修士做中国本土的第一位主教，然而反对最积极的却是他们，长上们把主教候选人的才能及品德清楚的呈报罗马不表赞同。
反对的主要理由是：罗神父连做神父所需的学识也不具备，更何况当主教呢！原来他被升为司铎是得力于他的好品性、办事开明、救灵热诚，特别是在福建，以及当时中国处于那个政治、社会及宗教混乱的局面下需要本地神父。但做主教，特别是在那种情况下，问题就完全不一样了。因为主教需要特别的才学与经验，而罗神父却缺乏这些条件。
他的学术研究很浅薄，他最早是于一六四四年后半年在圣多玛学院开始读西班牙文和拉丁文，大概在一六四七年中期回中国，那年七月到了福建藤头，在那里他给贾西雅神父作传教员及作藤头大教堂工程监督，那些工作占据了他的整个时间，直到一六五二年也没有回马尼拉。一六五四年七月四日升为神父，次年七月仍回中国传教。纵然他以前在中国时跟教士们曾读过一些书，那也只不过是在一个很有限度的范围内。
自一六四四年至一六四七年的后三年中很可能曾攻读西班牙文及拉丁文。他对于西班牙文有相当深刻的研究，这从他的西班牙文信件上可以看出来。而对拉丁文的知识则相当浅薄，他自己在某些信件上也曾谦逊地承认过。
至于哲学、神学及其它教会学科，最多他只读了三年。实际上，他读书的时间只有那么多。实在可惜，后来他也曾为此感到惋惜。
马尼拉上峰之所以反对罗神父做主教的另一个理由是，他曾声明支持中国（迷信）的礼仪，至少有部分的支持。他身为道明会士及主教，再加上他是中国人，在如此一个重大的问题上，这样会给拥护礼仪者一个好的借口来支持他们错误的意见和活动。
有的说罗神父有姑息的倾向，有他自己写给总会长的一封信件为凭。他在信上说因为自己是中国人，在讲解及认识一些问题上比别的道明会士更有资格。
很明显，这种说法是不合情理的。这未免是一个过于大胆的假定——罗神父比欧洲传教士更有权威。他们中有的在中国住了三十多年，而成为中国问题专家，华罗神父就是其中之一。但是，因为他没有受过训练来了解这样深奥及复杂的问题，就连最聪明的传教士、菲律宾和欧洲著名的神学家也为此问题大伤脑筋。但我们应当声明：以后他当主教时，应当重新支持本会弟兄们的意见，这本来就是他不该抛弃的。
在菲律宾还有反对他的另一种理由。教宗的委任状还没有到达马尼拉，而且事前必须经过西班牙印第安事务司，这是祝圣西班牙主教的律例。原因是国王给西班牙教士们很多的帮助，罗神父也算在其中之一。另一方面，国王对自己的权利是不会轻易放弃的，特别是在这些有葡萄牙和当时法国竞争的地方。虽然罗神父不是西班牙人，但他属于一个修会的西班牙省，而且是在它的管区内。因此，假如长上准许罗神父受祝圣，他们会惹出许多来自国王和政府的麻烦。
不但在马尼拉的道明会士反对他做主教，而且在那里没有任何主教愿意祝圣他，就是在中国也有反对派，或至少对他做主教的资格抱怀疑的态度。巴庐主教以前那么热烈地向罗马介绍罗神父做主教，在去世前不久也改变了自己的意见。在一封给传信部的信件上（一六八四年九月二十日）说：“因为罗神父已经七十岁了，做主教所需要的条件，他大多都缺乏，因他是中国人，凡是别人所能代做的，在他身上不会被别人看出破绽来。他很需要一位助理人。”他推荐华罗神父为他的助理人，有人说他在教士们中是最杰出的一位。
在中国的教士们也有同感，他们对他不适于做主教有着更深的了解，这从华罗神父的信上可以看得出。中国区会长阿拉冈神父，他曾伴随罗神父到马尼拉，带去中国教士们的报告书，连同他本人的意见都持有反对的态度。罗神父本人在信件上也曾提及此事。修会省—道明会玫瑰省—年鉴上有这样的记载：“他——阿拉冈神父，来马尼拉商讨重要事件。”
如此说来，马尼拉上峰反对罗神父做主教是有其道理的。他们打算把这些情形报告罗马，并等待罗马的答复。