罗神父在马尼拉的情形相当的困难。他住在道明会巴利安本堂(Parían,为华侨堂区)差不多一年之久，等着受祝圣。他虽然很谦逊，但因大家都反对他做主教，且有那么多反对的理由，处境是很难堪的。不论是他的本会弟兄、菲律宾的主教们或国王的司法部都不赞成他做主教。但是他仍决定接受祝圣，甚至还给中国教士们发表了一道公函，声明他如果受祝圣为主教，在教律方面来讲，他们都属于自己管辖。他又说教士们——会士，不应当属于主教权下，而应当属于修会的会长，他曾写信建议罗马，指明教会传统的习惯——教士属于主教，会发生极大的麻烦。
一六八三年六月四日，他上书西班牙国王，指出自己处境的困难，提及马尼拉政府官员反对他受祝圣。理由是：教宗任命他的谕令书有否经过印第安事务司还无法证实。之后，他称赞国王并许下忠实的服务，对道明会弟兄们表示感激，说国王赐给了他们许多的帮助。
同年同月十四日他又上书国王，并托他转呈教宗一封公函。假如国王赞成的话。他报告教宗说国王的司法部对他受祝圣所引起的刁难，并请求国王给予经济上的支持。如此，他以主教的身份对国王更有办法表示自己的忠信。他又要求国王派更多的教士来中国，他也向教宗请求派遣传教士经由西班牙来中国。
同一时期，他在给教宗的信上说，法国主教们大概无法进入中国，因为葡萄牙国王禁止任何传教士进入中国，除非先得到他的同意。西班牙国王和葡萄牙国王有同样的权利来阻止教士们进入中国。因此，正是为了不知道教宗的委任书有否经过印第安事务司，他受祝圣一事在马尼拉遭到反对。西班牙国王负担教士们的生活费，以维护自己的权利。
六月四日，他曾给教宗写了另一封信，他很谦逊地禀明教宗，自己是被迫接受主教职位的。同月二十日，他又给国王写了一封很有意义的信。除了许多别的事情外，他对国王说：他以前和现在反对法国主教们进入中国来管辖所有的教士们。第一、无论法国国王或法国主教们对远东教士们都没有任何权利，因为这些教士们都是西班牙和葡萄牙人，是这些教士们建立了中国兴旺的教友团体。第二、这些教士也不该属于法国主教们，不然的话会发生大乱。他请求西班牙国王声明自己是中国传教区的保护人，而他——罗神父则将声明是国王的公民，因为自己所有的一切成就都当归功于西班牙教士们。
在同一时期，他受祝圣的问题更加严重。当时反对他最厉害的是道明会省会长（玫瑰省）嘉得朗神父(P.AntonioCalderon)。罗神父对此事曾写道：“主要的理由是因为在某些事上，如有关宗教及敬孔祭祖的问题，我曾赞成耶稣会神父们的看法••••••。又因为我公布了一项声明，来证实真理只注意到神职人员的和平。”
罗神父没有提到不受祝圣的主要原因，那就是：他缺乏足够的学识来承当重大的地位，特别是在那个危险时期。
不幸的是当时在菲律宾的气氛很紧张。在很久以前，国王的官员已经越出自己的权限，厚颜无耻地干涉总主教区的内政，限制并滥用教会的权力。如众所周知的，巴尔多(Mons.Pardo)做总主教时，在马尼拉所发生过的混乱，他为了保护教会的权力而遭到逮捕和放逐，没有良心和没有人格的教友起来反对他。为了同样的原因，一些会士们被捕及充军。其中有道明会玫瑰省省长。这次事件的主脑人物之一是法院法官贾得良先生(Sr.Calderon)。
罗神父也置身于政治及宗教间十分矛盾的旋涡中，而倒向政治权力那一边。他甚至敢从巴利安教堂逃到贾得良先生的家里，原来就是这位贾得良先生出的主意，是在他的帮助下出走的。罗神父出走的日期是一六八四年五月三十日，即省会长被捕的前一天。以后，贾得良先生把他送到圣奥斯汀定会院。随后又帮助罗神父逃回中国。
在这次轰动教会的事件上，罗神父的思想完全错乱了，以至于竟在他的本国人面前批评自己的上峰，说他们想把他派到加雅阳省(Cagayan),阻止他回中国，为的是使他因烦恼而消耗精力，让他老迈而死，就这样销声匿迹。现在回想起来：当他为这样奇怪的思想所蒙蔽时，实在是令人惋惜。如此不合情理的假设，很可能是贾得良先生暗示给他的。
他得到西班牙政府人员的帮助，于一六八四年七月离开马尼拉，九月间到了福建。但在中国又有一件使他忧愤的事情等着他。原来他打算由巴庐主教那里受祝圣，就直接去了穆阳（是在十月三十一日到达的）。当他一进教堂，第一眼看到的却是一具棺材，里面躺着的正是希望祝圣自己为主教的巴庐主教。那个打击对罗神父来说实在是太大了。
可是，稍后他又再一次燃起被祝圣的希望。因为伊大任主教(Mons.BernardinodelaChiesa)一得知巴庐主教已去世，而罗神父尚未被祝圣的消息后，便给罗神父写了一封信，叫他去广州受祝圣为主教。原来是他带有一件诏书，教宗准许他无论在哪儿见到罗神父，就可以随时祝圣他。
罗神父于是动身去广州，在一六八五年三月三十一日抵达目的地。跟他同去的有颜垱主教(D.CarlosMaigrot)，他们共走了四十八天的路程。四月八日，在广州城外的方济各会圣堂由伊大任主教祝圣罗神父为主教，观礼者有几位方济各会及耶稣会的神父。
在他受祝圣主教的前后，为了法律上的权限问题：一方面有伊大任主教及罗文藻；另一方面有颜珰主教，他们彼此间有过激烈的辩论……。因为颜珰主教在福建时曾拿出巴庐主教任命他为全中国传教区的总监及属于巴庐主教的四个省份的代牧文件（见：颜珰主教于一六九三年呈交宗书，在《中国礼仪史HistoriaCultusSinensis》）。罗神父看了文件后曾写道：“与原文符合并画押。”但他在广州时却否认此事。伊大任主教也不能摆脱这件事的责任，因为他把上述档的副本当作是假造的，那是提艾乐神父(T.ManuelTrigueros)抄录的。颜珰主教(Ms.CarlosMaigrot)曾拿出来叫他看。伊大任主教甚至还视察了上述四个省份（一六五八年），那不属于他的权限。因此，在他们三个人之间有过一阵子的争论。