金邦尼放弃了圣十字传教站后，返回意大利并陪伴了父亲一段日子。马扎看见他那么精疲力竭，便怀疑他能否重返非洲。金邦尼的体力稍为恢复后，便负责照顾马扎学院的非洲学生。金邦尼描述他长上的计划：发展非洲本土的神职人员，并在欧洲的学院教育非洲的青年男女，好使他们在天主教的环境里，生活一段日子后回家。这样，他们可按照各人的专业和天赋，教导和传授他们所学得的知识。
就当时的情况而论，人们确应认识马扎的计划。非洲人仍被视为奴隶，或只是仆人和工人，马扎却想给他们提供最好的教育。对欧洲人来说，他们几乎没有可能抵受非洲的天气，因此，唯一的解决方法，似乎是在欧洲教育非洲人。
第二次传教旅程
金邦尼刚开始工作不久，便有消息传来：一群非洲奴隶在印度洋获一艘英国战舰拯救，暂时居于亚了。马扎认为，带他们当中一些青年到自己的学院去是有用的。因此，金邦尼获派展开他的第二次传教旅程，经埃及和红海前往亚丁。
在亚丁，金邦尼集合了七名非洲青年，准备带他们往维罗讷，还替他们取得英国护照。金邦尼认为，这工作有助这些年青人摆脱「用贩卖人口而做的卑鄙的走私，那是一种可耻的生意，侮辱和贬抑人性。我们人类都是一样，蒙上天赐予智能，是属神的标记，又是按照天主圣三肖像而受造的。但是，奴隶买卖使人被贬成动物。」他讲述苏丹的一场激战，是因三千名非洲人被卖往科尔道凡一事所导致的。由于涉及有关奴隶买卖的法律，金邦尼在离开亚历山大时被海关阻截，滞留了两天。他唯有虚张声势，指称这些非洲人持有英国护照，并声言他们确是来自印度，宁得以脱险。
奴隶买卖的痛苦
我们可能会问：为甚么金邦尼要带这些青年往欧洲?为甚么不把他们送回自己的家园?其实，他们中很多人早在七、八岁的时候，已被囚禁和奴役，现在已记不起自己的家在那里。其中一人最终做了神父，但他甚至不知道自己属于那一个部族。在以后的岁月里，金邦尼能够带领很多人返苏丹，其中一些人很幸运，可以寻回自己的家人。在这些幸运儿当中，有一名男孩在七岁时被奴隶商夺走。当时，他正在离奴隶商不远的地方，领着瞎眼的母亲走路。幸而，他日后还能认出某些标志而返回自己的村落。
另一次，金邦尼在路上看见一支奴隶队，他形容说：「在沙漠，我曾遇见超过二十群被掳的奴隶，他们一边走，一边捱着鞭打。小童由母亲抱着。至于那些能走动的小孩，他们的颈给缚在母亲所挑着的杠棒上，以防逃走。奴隶商在年满十五岁的孩子颈上围着羊皮带，再把羊皮带连接自己手持的绳鞭。成年人则分成一对一对，每人的颈拴在扛棒的末端。其它人的手和手臂则反缚在背后。有些人的脚系上锁链，还被迫挑着主人的行李。每当他们慢下来或表现得疲倦时，便立刻受着长矛和棍棒打击的滋味。一些人不支而倒在地上：他们或是被人用棍棒或长矛殴打致死，或是被遗弃在路上死去。这样，奴隶每天被迫步行超过十二小时，为期三个月。」金邦尼对这样的情况感到非常愤慨，决定要做点事，阻止它继续发生。
绝望中怀着希望
一八六一年三月，金邦尼完成他的亚了之行，回到维罗纳。他想过重返非洲，却遇到一些阻滞。一八六一年十一月，教会当局再尝试在苏丹传播福音，把传教站移交方济会。一行五十一人的队伍，包括神父、修士和教友，一直沿尼罗河向南进发。由于他们缺乏经验，又急于抵达传教站，从开罗启程南行之前，未能花时间来适应当地的水土。因此，院长和其中七人在途中去世，而在几个月问，所有人均相继死亡或被迫回家。在罗马，人们似乎已对非洲这一带地区不寄予任何希望，而它亦被遗忘了。
然而，金邦尼没有放弃他的希望。他继续教导非洲学生。他还开始让欧洲人士认识马扎的工作。在写给德国一群助手的信里，他描述非洲人如何研读基督徒的信理、阿拉伯语、意大利语、算术和旧约历史。一八六一至一八六四年间，金邦尼逐渐发展他的理想。他开始看到在欧洲教育非洲人并非上策。在那不勒斯，方济会士卢多维克·卡索里亚已在这处较温暖的地方进行类似的工作。然而，金邦尼觉得须发展另外不同的工作。