一八七二年九月，金邦尼阶同四位神父、一位学生、两位修士和三位非洲青年，一起出发前往开罗，展开他的第六次传教旅程。他从开罗往喀土穆。经过九十九天曲折的旅程，乘船沿着河流进发，骑着骆驼走过酷热的沙漠，终于一八七三年五月抵达喀土穆。金邦尼在抵步后的星期天，正式接办传教站。他用阿拉伯语讲道，向一个包括重获自由的奴隶、阿拉伯人、传教士和欧洲显贵的会众，讲述与他们在一起，是何等欣喜：「我年青时的初恋情人就是不快乐的非洲。十六年前，我放弃了我在世上所珍视的一切，来到这里。但是，由于健康不佳，我被迫回家。我离开，全是为了听命，但我的心已留在你们当中。今天，我回到你们中间，终于再找回我的心，我永不会遗弃你们。我愿意属于你们每一位。」金邦尼的道理证实，他深信自己的圣召，就是把福音带给非洲。此外，这篇道理也清楚显示，他不但视这圣召为一种外在的、需要追随的召唤，也是发自内心深处的，是他生命的爱情。
其后，金邦尼在十月庆祝光荣十字架瞻礼时，把他的代牧区奉献给耶稣圣心。同时，他写信给一位朋友，表示他对非洲的爱，是建基于他十分了解那里的问题，以及非洲在历史中的位置。他写道：「在中国，传教事业已建立了多个世纪，但在科尔多凡这里，信仰只出现了四百八十六天。我们仍处于起始的阶段。」处身这样的环境，金邦尼和他的同工似乎没有成功的机会。约在一八四八年，有三十五名传教士去世：一八六一年，则有二十一位方济会士死去。在这么多人去世的地方，在没有大修会冒着牺牲许多性命而工作的地方，这位身患重病的人，怎能与一少撮助手干一番事业?然而，金邦尼把他的传教会奉献给耶稣圣心：他相信自己的圣召，相信这是天主的工作，也相信．耶稣圣心将使我能够克服种种艰辛，使重生非洲的计划得以实现。」
传教站的发展
金邦尼在欧拜伊德致函巴尔纳波，讲述传教站向内陆推进的重要性。传教士正努力学习语文，并寻求一个最好和最简单的方法，成立传教站。他们正在准备编印劳此安语字典、语法书和教理书。不但传教士希望在劳班人当中工作，其实劳班族人也想他们在自己的地方教学，并保护他们对抗奴隶商。
金邦尼叙述劳班族族长赛尔德阿迦探访过他，力邀他兴建圣堂和学校。金邦尼写道，这些人曾击退阿拉伯奴隶商，他们对回教也不感兴趣。族长对于耕种和木工用具颇感兴趣。赛尔德阿迦说，他们知道有一位天主存在，但从未见过祂，也不知道如何向祂祷告。赛尔德阿迦族长曾探望金邦尼三次，金邦尼请族长向他转达劳班人的意愿。他答应尽快为他们服务，也希望寻回一些已成为奴隶的孩子。
金邦尼致函枢机时批评说，英国人虽然已取缔奴隶买卖，但这法律只是形同虚设而已。在中非，真正的奴隶买卖仍非常活跃。
金邦尼致函法国圣婴会会长，列举他抵抗奴隶制度的工作：在开罗的两问学院里，青年学习信仰、艺术和耕种技术：在喀工穆有两间会院；在欧拜伊德有两个基金会。欧拜伊德有十万人口，其中三份之二是奴隶。
金邦尼在同一封信里，要求对方拨款兴建房屋，因为「我尽力强化这些传教站，为准备那些来自内陆的族人，能在自己的国家里，成为信仰的宗徒。、他还指出，由于奴隶买卖的关系，很多孩子变成了孤儿。此外，不少母亲带同子女逃离主人，来到传教站寻求保护。传教站需要金钱来支付建筑材料和建筑工人的工资，好能为这些人提供合宜的居所。他还指出，在过去五年，他的学院已培训了五十四人，准备在内陆工作。直到目前为止，在这些内陆国家里，人们从未听过天主的圣言。他在总结时，重申传教士已随时准备为非洲民族的得救而舍身。他们的口号常是：「与非洲共存亡」，而且借着天主的恩宠，他们将忠于这意愿。
一八七六年三月，金邦尼返回欧洲筹募经费，并替自己辩护，反驳同工加尔塞纳-马恩省尼神父所提出的指责。简单地说，加尔塞纳-马恩省尼指责金邦尼没有妥善照顾传教士，也浪费了下少金钱。经过一连串的调查后，金邦尼的嫌疑尽释。此外，罗马方面为表示信任他，于一八七七年八月擢升他为主教。
饥荒的打击
一八七七年十二月，金邦尼主教重返非洲，展开他的第七次旅程。他从开罗前往苏丹时写道：「今晚，我们将乘坐大河船，离开开罗。各人都为我们祈祷。我把一切交托给耶稣圣心和圣母圣心，我们将要战胜邪恶，并在各地竖立十字架。天主的所有工作都是在加尔瓦略山山脚诞生的。我准备为祂的光荣受苦：非洲必会得救。」
这又是一次漫长而艰辛的旅程：「我们浩浩荡荡从开罗出发，不觉已有四十五天了。乘船的旅程是很辛苦的，目前我已抵达阿特穆尔大沙漠的边界。我的确需要至少一百只骆驼，但事实上，由于今年不曾下过一滴雨，我们只有少数瘦弱的骆驼。尼罗河的水位很低，所以闹着饥荒。我在抵达喀工穆前，还要走一个半月的路程。此外，我们需要四十只骆驼来载货。平日，我们只需二十只便足够了，但由于祂们体弱，只可背负少许货物。」
金邦尼继续在信里写道：「我处身世上最恶劣的窘境里：双倍努力、双倍开支、双倍危险和双倍不安。我在一棵大胶树下写信给您，这就是我们华丽的住所!距离我书写的装货箱三码之处，气温高达四十五度。神父、五位修女、修士和我都在天主、在圣母玛利亚和在大圣若瑟的手里。我们都把自己交托给天主，让祂眷顾。」
金邦尼抵达喀工穆时，饥荒更为严重。他首要的任务，就是援助饥荒。因此，他向罗马当局报告说：「作为耶稣基督的真实宗徒，我几乎所有的精力，就是用来承担这骇人的悲剧：这极其可怕的痛苦侵入了代牧区。我所指的是饥荒、旱灾，还有完全缺乏物资，而我一直尽力处理有关事情。然而，天主的工作必须在加尔瓦略山脚诞生和成长。我们现时的烦恼，就是须进一步证实，非洲的重生是天主的工作。尽管面对着这一切不幸、灾祸和困难，我们也不容许内心沮丧，因为十字架是迈向胜利的光荣道路。」
金邦尼虽然面对着这些障碍，仍希望在乌干达的大湖区开办传教站。然而，罗马通知他，这地区已交由拉维热里枢机和他的传教士(白衣会士)接管。金邦尼十分喜爱拉维热里，但他并不完全同意当局的决定。他致函罗马当局，清楚说明：「依我的愚见，阁下和圣部把四大地区交给拉维热里主教，确是错误的决定，因为他不会在这些地区充份发挥自己的能力。圣部在行动时略嫌仓卒一点，使它失却一向审慎而判断英明的特质。」
传教士开始受到饥荒侵袭。金邦尼向维罗纳的卡诺萨主教汇报，有几位传教士经已去世：「传教站的活跃成员都受到缺乏物资、疾病和死亡的重重打击，没有任何事情此这一切更使我的精神充满折磨和哀伤，甚至几乎因害怕和忧愁至死。面对着种种严峻的考验，我们感到更须持守自己的圣召，比从前更加坚持我们的口号：「与非洲共存亡。」他同时致函罗马当局，说：「我只能写下寥寥几句话，因为我被热症、艰难、疲累和沉重的心情消耗殆尽。虽然我的身体已透支，但借着耶稣圣心的恩宠，我的精神仍站得稳。正如在过去(自一八四九年以来的)三十四年，我决心为中非而忍受一切，并献出生命。」金邦尼回忆十七岁那年，他在马扎跟前所作的承诺。然而，金邦尼因工作过度而精疲力竭，他被迫于一八七九年五月返回欧洲。他在离开时，并没有遗弃他的同工，因为他是唯一留在喀土穆的传教士。
金邦尼在欧洲期间，专心恢复自己的健康，使更多人认识他的的两间学院，也探访他的助手们。他在巴黎和科隆演讲，谈及在中非传教的三大困难：漫长而危险的旅程、热带病和不同语言的问题。他还有机会觐见教宗良十三世，介绍修会其中五位准备前往非洲的修女。
最后的旅程
金邦尼的体力稍为恢复后，便于一八八零年十一月，踏上他的第八次，即最后的传教旅程。这是金邦尼一生的最后一年，几乎是马下停蹄的，大多从事遏止奴隶买卖的工作。他终于可以在劳班人聚居的迪灵开办传教站。他在那里写道：「在努班山，我与同伴一起干伟大的事，不但为了传教站，也为了消除奴隶买卖。」(他能够敦促政府委派一百名士兵来保护人民)。金邦尼在那里观察劳班山，物色地方兴建新传教站。
旅途上，金邦尼一直被热症缠着。他十分担，维罗纳两间学院的情况，因为它们都处于艰难的日子里。主要的问题，是需要物色一位适合的人选任院长：这人须了解在非洲工作的种种问题。他致函维罗纳的修院院长说：「耶稣背负第一个十字架，而我们身为他的门徒，也要背十字架。晚上(我难于入眠，虽然昨夜我睡了三个半小时)，想起在过去的廿四小时受了很多苦，我感到很高兴，比我在伦敦、巴黎、维也纳或圣彼得堡享受完晚宴后回家的心情更高兴。」
金邦尼在临终的最后几个月里，受到很多无理的指责。这些指责均与他为修女们购买房屋的事有关，也与他极力维护叙利亚籍保守生维尔吉尼亚·曼苏尔有关。曼苏尔曾任传教士二十年。当她原先所属的修会撤离后，便要求加入金邦尼的修会。她到过维罗纳，在那里教授阿拉伯语。由于她的语文很好，且有丰富的传教经验，惹来很多人嫉妒。金邦尼在苏丹维护她，结果引来很多反对的声音，甚至使他的病情恶化。
一八八一年十月三日，金邦尼致函修院院长说：「我在上一封信提及，有三人相继去世。追思弥撒后，我叮嘱不用拆卸灵柩台，我想是对的。今早，来自罗马的辅理修士保禄·斯坎迪因伤寒病去世。我在写信的时候，方济·皮玛桑尼神父已要求我为他施行临终圣事。不但如此，连我亲爱的副主教也在出席辅理修士的葬礼后发烧，立即要卧床休息。但是，天主的工作一直是这样诞生和成长的：教会建基在降生为人的天主、宗徒和殉道者的鲜血上。世上所有的天主教传教会都在死亡中、在牺牲中和在十字架一一得救之树一一的树荫下结果。」
金邦尼的副主教于十月九日去世。翌日，主教前去安慰修女们。那天早上，金邦尼自己也发着高烧。他领了临终圣事，并在当晚十时逝世。