不少的讨论和文章讲过比约神父的敌人及他所受的迫害，但也有人说他从未受过所谓的“迫害”，那些只不过是比约神父跟随者的主观认为。比约神父本人于1964年12月签署一份文件，借此声明：他一生中从未受过任何人的迫害。然而，他是由于“服从”和迫不得已，为修会和教会的名誉才“抄写”这份声明的。
在比约神父的生活中，的确他曾经历最可怕的迫害，这是毫无疑问的。他被指控为“道德的骗子”，且遭受处分、禁闭直到去世未被平反：他死时，名字仍被列在受圣部处罚的人名单中。若不承认这些事实，那是继续以不公平的方式对待比约神父。他的爱、慈悲及英豪的德行是那么超群出众，因为他受到的是“自家人”的迫害，即来自教会当局和本会弟兄的，可是他从未抱怨或批评过任何人。
莱加劳枢机在比约神父的追悼会上说道：
真的，他生存的空间曾是那么狭窄，在迫害最严厉的时候就像住监狱……。他是穷人中最贫穷的……，他甚至连飞鸟和花草所呼吸的空气都没有……；在痛苦中他与基督完全相似，竟是那么杰出……，他的一生是一种苦难，他对基督痛苦的分担是显而易见的。那些首先可以、并且应该明白的人却开始了对他的否认和迫害。
在比约神父的生活中，他经历了最难以忍受的时刻：最初，当他的名声开始传开时，他谦逊且热诚的生活激起地方神职的嫉妒和愤恨。他们不顾一切，甚至歪曲良心地对那些诚朴的信众宣称：他是虚伪的骗子……。面对长上在客观调查前便冒然做出的裁判和处罚，比约神父总是准备好服从。
1972年9月13日，希利枢机于比约神父去世四周年的机会上，在热那亚说道：“那些应该首先相信耶稣的人，却成了杀死他的凶手。对比约神父也是如此，他被反对、被处罚、隔离甚至被禁止与任何人交往。”
正如我们所看到的，信理部于1922年6月2日，写信给方济各会总会长，建议令比约神父离开罗同道。其实类似的建议早已有过，于1919年，修会长上们已考虑到了。这种计划只是为削减群众对他的热情；然而这一计划却很难实现，因为罗同道的居民皆认为比约神父，是天主赐给他们的一个珍贵的恩赐，他们为拥有他会不惜一切代价。
坚持比约神父留下来的主要领导人是莫加迪，他是比约神父的朋友，曾多年担任村长一职。于1969年，他八十岁时，还对往事记忆犹新。他曾写了书面记录，提到于1919年，当第一次谈及比约神父的转移时，居民们便拥进会院，为保证他永远留下来。
1920年夏天，当第二次企图转移比约神父时，群众的反应更为激烈且具威胁性。他们开始寻找比约神父的那些对手，并向他们展开进攻。律师、地区长官、警察都出动了，因此也惊动了曼弗道的主教。他乘机当众恭维比约神父并保证他不会离开，但谁也万万没有想到：他才是这一切的幕后操纵者。最后只得上比约神父来到群众面前，以保证他将永远与大家同在。
1922年，对比约神父开始新的攻击，而群众再起而保护：一群年轻人在比约神父做完弥撒后，将教堂团团包围。一位持枪者前来拍着比约神父的肩膀说道：“我们宁愿您死在罗同道，那比抛下我们走要好得多！”这说明了人们的热情。
1923年夏天，又下达了转移比约神父的命令。6月25日早晨，比约神父未在教堂露面。其实，他收到命令，只允许在一楼倒锁着的房间做弥撒，不许他人参加。信友们只看到双眼红肿的辅祭者，他告诉了大家新的命令。消息很快便传开。仅几个小时的时间，全罗同道的居民在村长的领导下，高举着标语齐聚到会院。那是一次和平示威：大街、广场、教堂内都挤满了人，甚至妇女和儿童也参加了队伍。会院院长只得向人们保证比约神父会回到他们中间，但人们不再相信，他们堵住会院的通道，使人不得出入且派人日夜轮流看守。
为彻底解决问题，人们选举出一个委员会，派他们去罗马与教会当局对话。1923年7月1日，他们向首都出发了，其中有书记、民兵队长、群众协会主席、商界代表和村长莫加迪等。委员会成员也包括了罗同道周围的几个村镇的人。
莫加迪回忆道：我们受到了圣座国务卿加斯巴利、信理部长莱加和会议处主席斯巴提等枢机主教们热情的接待，但我们却未能见到信理部秘书长瓦乐枢机。其实这次去罗马没有得到什么积极成果。
回到家里，我收到一个秘密消息，称比约神父的转移计划马上就要落实。我去福贾省政府，这一消息得到证实。我难过地急忙跑回罗同道。那时看到比约神父一人在更衣室，站在夕阳斜照的小窗户前，他的脸色极其苍白。我知道他比我更痛苦。我说：“比约神父，你就要永远离开你的人民吗？”
他伸开手，抱住我，我们都哭了。“被软禁、受折磨，而且没人知道要去哪里，难道你就这样在晚上被警察带走？”我说道。
“如果有命令，”比约神父回答：“我只能执行长上们的意愿，我一生都是‘服从的儿子’。”
两天后，比约神父将一封信交给我：
罗同道尊敬的村长先生：
最近这些天发生的事令我深深感动，也使我感到无限焦虑，因为我害怕无意中会成为我所爱的人们犯错的原因。因此，我求天主帮我脱离这一灾祸，宁可承受任何的痛苦。正如您所知道的，既已决定要将我转移，我便请求您全力合作，以满全长上们的意愿。他们所愿意的便是天主的圣意，对此我盲目的服从。我总会在自己可怜且不断的祈祷中记得大家，为他们祈求平安和祝福。看，我爱你们的标记，而这是别人所不能给的：即是如果长上们不反对的话，我愿意将我的骨头埋在这块土地上。
我怀着全部的爱在主内对您说话。
比太止那的比约神父。
指控比约神父的信件继续寄到梵蒂冈。写信的人具有相当影响力，因为他们的控告被相信了。应该记得哲麦里神父，他是信理部的顾问，因此他对比约神父否定性的评论，一定在教会最高法庭产生了很大的影响。
1923年5月31日，信理部颁布了第一道反对比约神父的谕令，原文如下：
旨在维护信仰和教会神圣传统的本最高圣部，在对属于福贾会省区的罗同道会院的、方济各会士比约神父事件做过调查之后，宣布：他身上所发生的事，不具备任何超自然的特性，因此劝勉信众依此谕令谨慎行事。
这一公告发表在1923年７月５日的《罗马观察报》，也纷纷被世界各大报刊转载。借这一文件，教会意在清楚地说明：比约神父的伤痕跟耶稣基督的五伤无任何关联，而比约神父只是一个可怜的患病者或骗子。
罗同道的院长没有勇气将这一公告拿给比约神父，于是便将那天的报纸藏起来。可是，几天后又收到了《方济各会杂志》，本期杂志也同样转载了上述公告。通常，各种杂志都会摆在会士们散心时所在大厅的桌子上，当然那本杂志也在那里。那天，开始散心时比约神父不在；稍后，当有人听到他的脚步声时，便急忙将那本杂志推到桌子的一角。偏巧，比约神父一进来便顺手拿起那本杂志，打开第一页，便是那则醒目的公告。他认真地读着，却未有任何表情。读完后，他将书放回原处，便和弟兄们聊天，似乎不曾有什么事情发生过。
散心结束，院长陪比约神父回到房间，他走近窗户，静静地注视着远处的平原。过了一会儿，猛地转过身，脸上淌着泪水。
信理部的谕令给比约神父、甚至整个方济各会的打击很大。教区神职和其它修会的会士们，都嘲笑那位“留胡子的会士”。因此方济各会总部决定：让比约神父从此自人们的视线下消失，以平息那些议论。他们决定将他送到西班牙。然而行动要十分谨慎，不然可能会再激起信徒们反对。
为顺利完成计划，特别挑选了一位健壮的、以勇猛著称的会士路易神父。他本人是这样描述的：
1923年７月中旬，担任副省会长的我被召到罗马，我陪总会长若瑟安多去信理部。我一直在客厅等他出来，大概他们在讨论如何转移比约神父的事，或许那是很必要的吧。
在回到方济各总院的路上，总会长对我说：“担子放在你肩上了，你应该履行最高权威的命令！”
“我已准备好作您所要求的一切。”我回答。
到达会院，总会长通知我从罗同道转移比约神父的命令。那天是1923年７月30日，他补充说：“比约神父会完全服从你！将他从罗同道带去安高那交给省会长，他会收到进一步行动的指示。我将事先通知国家公共安全部部长博诺先生，同时你负责联络福贾省长，为避免有可能引起的群众的骚乱。去告诉比约神父需要服从命令并准备好动身。”
８月上旬，我到达罗同道。当晚，我将比约神父邀到房间，请他接受命令并听从我的一切安排，正如总会长要我转告他的。比约神父点着头回答说：“我完全听从您的指示，立刻动身吧！听长上的，即是听天主的！”
那时，我补充说：“您想现在跟我走吗？夜已深了，我们去哪里？”
“我不知道，什么时候而且去哪里，我完全听您的安排。”
已是半夜，我努力控制着内心的情绪，平静地回答：“我来只是通知您这一计划，至于何时行动只能等待罗马的命令。”
我将这次谈话报告罗马，几天后得到的回答却是：“一切暂停！”
同时，还收到一份博诺先生书信的复印件，信中说明他可以派遣安全部队为完成这一使命，然而他想知道究竟谁要为此事负责。其实，博诺这样写道：我们可以安全地将比约神父带走，可是一定会有流血发生，因为根据福贾省长的报告“将尽全力执行命令，但肯定会橫尸遍野”。
另外，我也向总会长申报了我对转移比约神父的具体安排：路线、交通工具以及我坚强的意志，尽管我已经三次遭到罗同道居民们的攻击，他们说：“路易神父还想动武，好大的胆量！让他来试一试，我们非要砸碎他的骨头！”
８月23日，比约神父给我写道：我想大概不必告诉您：感谢天主，我已准备好服从长上颁布的任何命令。对我而言，他们的声音即是天主的，我至死坚信不渝。在您的帮助下，我将听从一切指挥，为能摆脱我的可怜。
比约神父时刻服从，他委屈地承受着信理部对他的处罚。从来没有人盘问过他或向他解释过处罚的理由，他有时试着在自己身上找原因。一次，他请家乡的一位好友奥朗神父帮忙。后者在日记中写了这样的见证：
我与比约神父交往密切，即便在受到罗马著名的处罚时。比约神父希望我去帮他弄清楚事情的经过。
于是我去罗马，向道明会士罗帝尼神父表达了我的来意，原来他是信理部的委员。
罗帝尼神父本不想接见我，因为他说圣部的成员需严守秘密，但由于我一再坚持，最后他答应。我们的谈话持续了一个多小时。
他说：那时在信理部保存着曼弗道总主教嘎拉底的一份详尽报告。他将比约神父描述成骗子，以伪装五伤破坏教会的平安。报告以这样的话结尾：“或者比约神父从我的教区离开，或者总主教离开！”
罗帝尼神父继续说：“我们曾命令他服从，去一个无人知的地方。他不但不听，反而利用身边的几位狂热的妇女煽动群众，甚至福贾的政府和军队。”
“这并非是真的，”我回答罗神父说：“如果比约神父接到你所说的命令，他一定无条件地服从；请委托我通知他，你将会看到我所说的是事实。”
“请手按圣经发誓，然后去吧！”罗神父说道。我跪下来，将手放在圣经上发了誓，乘火车次日便到了比约神父的房间。
“亲爱的神父”，我对他说：“他们控告你很多事，但最重要的是你不服从长上的命令。他们说曾命令你离开这里，可是你却执意不听。”
比约神父跪下来，张着嘴，过了一会儿，说道：“兄弟，我在十字架的耶稣下发誓：我在这里从未收到这个命令。如果我的长上们命我从窗户跳出去，我毫不争辩，立即执行。”
1924年7月24日，信理部颁发了另一则更为严厉的谕令，原文如下：
旨在维护信仰和教会神圣传统的本最高圣部，经过严密审查，继去年5月31日的谕令之后，愿向信徒重申：从比太止那的比约神父身上，不能找到任何超自然迹象；信友们的行动应符合本谕令的精神。目前，综合诸多准确的消息，本最高圣部相信自己有责任再次警告信友：避免与比约神父保持任何联系，甚至包括书信来往。
直到那时，比约神父写很多的信，因为这是惟一使他感到自己有用的方式。他与所指导的人保持着经常的书信交流。那些信件装订到一起已经是厚厚的几大卷。专家们称那是极珍贵的神秘学资料，堪与加大利纳瑟纳的书信集媲美。可惜，在1924年７月24日的谕令后，服从的比约神父完全不再执笔，甚至也中断了与神师的联系。
奥朗神父在其日记中写道：
信理部的两道谕令逼迫着方济各会的长上们，将比约神父牢牢地关在罗同道会院的高墙内，禁止他去会客室、写信、在窗口出现等等；几乎完全使他与人世隔绝，连神圣的弥撒也不允许他在公开场合举行。
会院对比约神父成了一座名符其实的监狱。
只有雅各伯医生，有时为了比约神父的健康，可以接近他。
接近被监禁的比约神父，便能深刻感受到他身体和精神的痛苦，那的确是致命性的。
“现在我才明白，”比约神父说道：“那些无辜者比那些因已罪而受刑的人，受的苦更多更大，他们的确是有福的！至少他们在开庭后可以知道要被监禁多少天、多少个月或多少年！他们可以数算过去的和将来的日子，可是我呢？”
另外，可怕的冲突是常有的，一方是必须遵守圣部谕令的会士，另一方是不顾一切想见到比约神父的群众。
对我和雅各伯医生，比约神父经常透露内心的秘密，有时他也很会和我们开玩笑。
雅各伯和我讲过：一天晚上，他和比约神父聊起来，他们讲到著名的拿波里比萨饼，医生有声有色地描述着：它是多么好看且好吃，上面覆盖着一层绿色的蔬菜和红色的西红柿，中间裹着一层细碎的牛肉丝。随后他对比约神父说：“想不想来一个？”比约神父回答：“算了吧，有多少年就没闻过它的味道了！”
医生想立即满足比约神父的愿望，尽管夜已深了，他还是开车去福贾市买肉。第二天一早，便开始为比约神父准备午餐。到了用餐的时间，他将丰盛的午餐带到会院，在比约神父的房间摆好后，便去找他。比约神父正在走廊，他走近神父，捂着耳朵低声说道：“神父，闻到拿波里比萨饼的香味了吗？快，快回房间吃吧！”
“太妙了，现在我知道你是一位真正的朋友”，比约神父回答。看到桌上丰盛的食物，他显得很高兴。他祝福了，坐下，拿起叉子，静了一下，说道：“雅各伯，为什么我们不向圣母献一朵鲜花呢？去，把这顿丰盛的午餐送给穷人，他们一定会祝福你的！”
信理部于1926年4月23日，又处罚了比约神父，当时是由于有人出版了一本题名为《比太止那的比约神父》的书。这次处罚重申了前两次谕令的内容。三个月后于７月11日，为阻止众多信友去罗同道，再次颁布了新的处罚。
随后的几年，教会最高法庭保持了缄默。
1931年，身为无神论者和共济党员的资本家方特悔改了。他曾写了很多文章攻击比约神父，指责他“有能力欺骗那些诚朴和充满热情的人”。他有一个深爱的侄子安利格，孩子患了重病，被诊断为肺结核、骨结核以及肾功能丧失。医生表示已彻底无挽救的希望。方特的家人们转向比约神父，奇迹便产生了。亲眼目睹奇迹的方特也去了罗同道，并在那里悔改了。为表示感恩，他写了题名为《比太止那的比约神父――上主的使者》一书，圣部立刻干预并列为禁书且声名“不可印刷、不可阅读、不可保留、不可销售或者翻译成其它文字”。同年５月23日，圣部又对比约神父做了新的、极其严厉的处罚：革除他的一切职务，弥撒除外，但“不可在教堂或公共场合举行，仅限于个人在会院内的小房间，且不允许任何人参与”。
那真是一种监狱、死亡和绝对的隔离。消息又一次传遍了罗同道的大街小巷。比约神父却丝毫不予评论，他以绝对的服从开始了一个隐士的生活。早晨单独举行弥撒，一般用两小时，节日等特殊日期则为四小时；接着一小时的感谢圣体；随后去教堂和其他会士一起祈祷一小时；然后去图书馆读书。下午重复同样的安排。比约神父的一天被分割成祈祷和学习。晚上，他从不吃晚餐，而休息得特别晚。“有时，我在图书馆里遇到他”，比约神父的学生阿波里说道：“他很喜欢别人陪他一会儿，可是他不愿听人评论他的处境，或批评圣部的行动；那时，他会立刻停止说话，若再继续，他会起身离去。”