公元一六0二年八月七日，圣简惠然正式进入初学，一六0四年八月八日获得宣发矢愿。他的初学生活在现代人文思想家心目中，不过象一连串祈祷及补赎的日常功课，亦即故意锻炼控制意志的服从精神，借而培养为群体目标努力之性格的常规生活。这样的方法和目标，和人文精神尢相径庭；然而有理智的人文思想家，倘若未曾完全被成见所蒙蔽，将不得不和詹姆士样，承认这样的陶冶方法确实造出极优秀的成效。圣纳爵的「神操」在无数考验中，一再证明过它的功效，甚至可以受得住最恐怖的绞盘酷刑；经过如此训练的钢铁意志，连伦敦塔的监闭室也无法使之屈服。
在服从这一点上，今日世界远较詹姆士生活的时代，格外不容易同意耶穌会会士的理想。其实，今日世界许多方面所要求的盲目服从程度，犹甚于圣纳爵的构想，更往往以死亡、监禁、放逐等的威胁逼人就范。詹姆士曾经提到他自己，为什么需要勉力理解服从的难以懂悟真谛，他的谈话还流露着一股老派思想的气息，表示：「首先谈谈服从精神。二十世纪一开始便不太重视该项美德。个人的责任理当掌握自己的行止，并且享受或忍受个人行为的后果；这种态度反而被视为新教最根本的社会典范。所以很难再去设想怎样了解人类可能有內心生活，还愿意考虑把自己的意志听从其他有限的受造物指挥。我坦白承认自己以为这种现象过于玄妙。另一方面，这既然真是显明地回应许多人的內心渴望，我们也因此不得不尽最大的努力，试图了解其中的关键。」
詹姆士称作「新教最根本典范」的个人主义，在自命誓反精神发源地的国家里，已经被推翻了。过去，教会因着坚持服从，受到无情的评击；如今则又听见许多政府，指责教会的崇尚自由!其实，教会只是神性的渠道，走极端的永远是俗世的潮流。在沉迷于卢梭诡辩的社会里，教会被诬作自由、平等、博爱之敌；但自从放纵情欲、偏私不公、阶级斗争把社会推向专政制度的另一极端，教会则又被猜忌为崇尚自由者争取突破的焦点。教会向卢梭的弟子宣称：「自由固然可贵，人生仍旧需要权威」；同时，教会亦对新极权份子声明：「权威固然需要，人生也必须自由」。
圣纳爵坚决服从的态度，过去曾经使詹姆士震惊及感到意外；但现代的读者则只会震惊，然而不再会感到意外。撰写圣纳爵生平的早期作者里，曾经有人综合过他的服从构思，显示出颇富今日世界的意识。
巴杜里·弥格神父表示圣纳爵讲过：从开始修道一直到日后，我必须把自己一切都交付天主手中，交给任何代表祂权威的人手中。我应该渴望上司责成我彻底扬弃私己的判断、抉择，同时克服个人的主张……我应该象上司手中的一块软蜡，任由他随意摆布，无论写信、收信,跟人交谈或者严守默静等等；我必须把全副精力竭诚而精确地执行命令。我的责任是把自己视同一具死尸，毫无思考、意愿；又或者象件物体，随便別人搬弄：又或者等于老人手中的拐杖，任让他携带、使用。在修会管辖下的我就该如此，单纯按照修会认为最适合的方式，为修会服务。
我永远不可以要求上司，派遣自己往某某地方，担任某某职位……。任何事物都不属于我个人私有，即使可以使用的一切，也应该作好心理准备被取走，好象剥去木偶身上披带的东西那样。」
圣纳爵强调的，当然是天主教教会向来重视的一项美德，修道生活所必须的基本立场。的确，「象尸体般地服从」这句话，似乎出诸圣五伤方济的谈话，这位圣人在现代绝少人会怀疑是赞同专制极权的圣人；他表示小兄弟应该「衷心服从地抱取天主的意旨，犹如一具尸体从天主之神领受光明与生气」。
所以，服从准则原来是各修会一致的共识，但耶穌会特別强调该项美德，完全在乎耶穌会一向自视为教会的机动部队，专门跟敌人正面短兵相接。耶稣会会士由于必须深入俗世，更容易接触到诱惑，也更需要严格纪律的保护。况且耶穌会会士有责任往海角天涯展开活动，倘若彼此缺乏钢铁般的纪律管辖，一致服从修会中枢的指挥，可能无法产生那末强大的效验。
欧战期间的协约国，最后不得不统一指挥，这是经验教训的共识；既然圣纳爵率先投入圣战的争斗里，也绝对免不了统一指挥的组织。
其实，采用军事化的比喻，不仅只有天主教，连新教牧师亦经常强调教会是在「战斗状态」。倘若一方面高唱「基督勇士进行曲」的军歌，一方面却批评灵修所必须的纪律及服从(类似俗世军事行动式的发愤努力)等于专制暴虐，则未免太大自相矛盾了!
行伍出身的圣纳爵·罗耀拉，根据自己的亲身体验，当然懂得军纪的重要性；他曾经在西班牙军队里担任低级军官职位，后来在中炮受伤、折断腿骨的疗养期间，方才逐渐皈依天主。所以，他心目中的耶穌会总长，也应该拥有过去指挥他的将帅那种绝对权力。隐修及托砵修会的一般组织，通常由当地的修院团体决定；然而耶穌会的总长，至少理论上可以随意委派或者撤销任何职位。他唯一需要向全体大会负责；即使他犯有重大缺失，亦只有全体大会有权审核。
虽然如此，圣纳爵惯用的比喻却不可以太认真。早期的克修著述里，他的确采用「盲目地」、「尸体」、「老人手中的拐杖」等字眼，那都是因为切愿逼真地刻画出他的思想要旨；但耶穌会会士的服从精神，截然不同于军队里，上级要求部下的那种全无限制、呆板服从。军队里，通常只有长官差遣属下，并不鼓励属下举报长官。圣纳爵则十分了解个別上司的行动，有时候可能看似不实际、不合理，并且对属下不公允。宝尔乃神父写道：「碰到类似的情况，属下有责任上诉；而属下的意见和良心，无论是否有误，都应该受到重视。因此，会宪特別作出安排，以商讨及仲裁方式解决纠纷。若非根本承认并尊重个人的理智及意志，同意他可以不受上司影响，甚或和上司相反的话，作出这种安排便失去意义，全无可取的地方。」
本书愿意补充的一点是，通常好把「为达目的、不择手段」这句话，作为耶穌会会士的行事方针，其实毫无根据：天主教教会对这一点也十分明确：无论谁在任何情况下，犯罪永远不是个选择。连服从的劝谕也必定或明或暗地附带着一定的条件，那便是要求服从绝对不可以取作犯罪的借口。宝尔乃神父说得很清楚是：「凡指责耶稣会会士以「不择手段」的借口，替他们做出的坏事强辩，这样的言论以及著作，都一再被人要求提出具体的证明；事实上，到如今仍旧没有一个人，能够找出一次真实的个案。」
譬如一九0五年在脱利雅一一科隆民事法庭里，又提过上述的指责，虽则洪思戎最后依旧讲不出，耶穌会会士有那一条教导可以附会成这个主张；只可惜结果仍旧有人相信那种传言，可见重复得多的谎话，见识浅薄的人亦会当作是真理事实。
圣纳爵推崇的服从，是纯粹追求天主光荣的服从，并且主要是按照他著名的神操培育的服从精神。修德务善的两项必要条件，在于天主的圣宠以及人类自由意志的合作；天主率先启发，而人类亦必须向应。理解到人性意志自有其必要，并非依纳爵方法的创新发明。圣纳爵再三强调人性意志的重要，只不过格外突出一项众所周知的真理事实而已。他宣称：「我愿意，我便认识天主」；这样，他便把个人的信念传授整个修会，指出身体既然能够凭体操而强健，那末精神同意可以借神操而壮硕。
他的神操原来就是克己自制的一套方法，目的在乎使个人的全部意愿和行动，彻底统一到人生基本宗旨之下；而人生的基本宗旨在圣纳爵笔下，又扼要地成为一条原理：「人之受造乃为赞颂、尊敬、事奉我等主天主，由此妥救自己的灵魂」。
依纳爵神操法的作用，是设法使人对造化万有完全无所偏重：「并不重视健康甚于疾病，重视财富甚于贫困，重视尊荣甚于屈辱，重视长寿甚于短命，其他一切，亦莫不如此；总之，我们所愿欲、所挑选的仅是更能引我们达到受造目的的事物」。
虽然如此，值得留意是许多注解往往误会他提出的「不偏不倚」中立态度。圣纳爵主张对造化万有完全无所偏重，肯定不会是绝情灭性的，不在乎此士心态，更是由于锻炼有素后，能够彻底掌握情绪的定力。圣纳爵期望他的后辈懂得善用，却非窒息他们的意志、情感。标准的耶稣会会士，不可以受情感的左右，却该使情感成为升火待发的动力，随时按照驾驶员的操纵活动。
圣纳爵的「不偏不倚」，其实是种內心的习性，不受外界挑逗、吸引的激发；这是和机械式的僵化，根本互不相同的安宁准备状态。
神操非常注重想象力的运用，不断鼓励操练者设身处地，以活泼的想象替概念制造生动的有形背景。默观里更催促操练者尽量想象基督经过的会堂、村落、城镇情况；例如「借想象力观看由纳匝肋至白冷的路途，有乡长有多宽，是平坦，或是崎岖不平，丘谷起伏。再观察诞生的山洞，大小高低，怎样的设备」。又或者在耶穌五饼二鱼饱饫数千人的场合里，跟群众一起分尝食物的甜酸滋味；或者当玛达肋纳用香水替耶穌抹脚，用嗅觉闻闻那种芬芳香味；甚至体验基督被钉十字架上，身受的疼痛苦楚和忧伤悲悼。
一旦操练者确认人生目的及宗向，又了解选择最后可能妨碍永生幸福的事物，连从纯粹本性理智立场判断，也是相当愚蠢的行为之后，圣纳爵再以爱情的热火加强想象力及理智的演绎。他接着便提出基督神国的机要默想、「二旗默想」，和默观一连串的基督生平奧迹。他愿意思维所跟随的辅导，是位君主、情人，于是，圣爱便逐渐代人为推理的动力，让操练者开始．宁愿偕同贫穷的基督挑选贫穷，不愿挑战财富，宁愿偕同饱受侮辱的基督受侮辱，不愿享尊荣……」。这便是圣方济·沙雷满腔热忱的秘诀，又是圣伯铎·简惠然自献作圣爱牺牲的內幕。
无论全部或者精选的「神操」，现在已经成为耶穌会本身和外界一般的退省避静大纲。教宗良十三世更在一九00年二月八日的敕书里，正式宣布说：
「圣纳爵·罗耀拉的，神操」小册，对灵魂永生幸福的贡献，已经享有三个世纪的经验证实，更获得该期间內许多圣德人士，以他们生平的克己修身方式和修德务善的表现，再三再四地予以肯定」