1951年8月黎培里主教被驱逐出境，临走前，他把格寿平的申请批了，任命我为徐汇总修院的代院长，总修院的院长应由罗马圣部任命，他只能批为代院长。我于1951年7月16日上任，我的精力放在修院工作上，我勉强支撑了4年多，修生数增加到303名，修院中工作的神父都曾是教过我的领导和老师，比如姚赞唐曾是会长和院长，桑黻翰也曾是我的会长和院长（我一直认为他是我的恩师），其余几位教过我书，是我的老师。我只有35岁，院中年龄最小却当了他们的院长，我有些心虚。他们都特别尊敬我，让我放心担当这个重任，我被他们的服从谦虚之心深深感动。当时高年级的学生如海门的丁兆铭、苏州的张振华都已30来岁，和我相差无几。我当院长后第一个重要措施就是小修院一开学就做一个月神修月。较有收获。我认为对修道人来说，最重要的是神修，没有扎实的神修基础成不了好神父。
最使我棘手的是，宣布我为院长的第二天，全体工人约20名到我办公室内大吵大闹，要求增加工资，增加福利。跟他们好好谈，不听，只高声喊叫。管他们的两位辅理修士都躲起来不出面。我心想外国人做院长他们不闹，中国人当了就闹。正在我无法对付时，一名修士挺身而出，到我的办公室内向他们说：“你们吵闹什么？院长不管这些事，是我负责，跟我来。他把工人领出我的房间，替我解了围。这名修生叫吴才生，我很感激他，我以后真的把工人交给他。工人后面有区政府一个姓赵的干部作后台，不易对付。吴修士把工人们管理得服服帖帖，我佩服他，他圣了六品后，其他修士如陆培元、沈保智、艾祖章、张廷爵等相继管理工人，用不到我操心。
一个单位的伙食最重要，拉丁文说，BONACULINA，BONADISCIPLINA，意即伙食好了，纪律也会好。我把修院303人的伙食也托给修生管理，修生成立自治会。我只定伙食标准，他们就按这个标准办理食堂。当时修生们下午4点还有一道点心，我定的标准每人每月20元，这在当时相当高了（大学生的伙食标准每月10元）。管理伙食时间最长的是郁成祥，他费心费力，大家满意，只是影响了他的学习。管伙食账的是庄建坚，搞采购的是朱育德等。1955年9月8日郁也被捕，离他圣神父的日子只差28天，他在劳改时，保持信仰，保持独身。我82年回来后，派人找到他并让他回修院，圣了他神父，他成为一个好神父。他是海门人，他有良心，说他是海门朱开敏主教培养的，他必须为海门教区服务。他去见海门的郁成才主教，郁见他有病，怕他病倒成为教区的负担，不愿收他，他海门回来，问我道：“我中过风，我怕再发病，神父你怕吗？”我回说：“你病了教区养你一生。”他安心留下补课。他归了上海教区，他传教十多年，为教区做出贡献，最近病死。
解放后各地修院陆陆续续停办，徐汇修院硕果仅存，各地都派修生来，温州苏代理主教亲自送来了朱维方，广西送来了黄雄才，广东通过华理柱主教送来了庄建坚、林德君，江西送来了游国杰、谢云生、吴谷声，福州郑长城代总主教亲自送来了何敦乾，河北送来了李中原、张尚志等十多名，他们神修有基础，学习又用功，都经得起考验，除极个别外，都成了好神父。
郑代总主教来沪的另一个目的是，要龚和格派一名神父去福州教区，为神父们领避静，做依纳爵神操。龚格派了在神学院教圣教法典的王哲神父去。这为王神父找来极大麻烦，反帝爱国运动开始，军管代表重点审查他，要他交代此行的反动目的，导致王跳楼死去，这是后话。就在那一年，我认识了郑，并成为极好的朋友。他爱国爱教，他为了忠于罗马教宗，被判刑，劳改达30年之久，出狱后，仍在家深居简出。经多方面的劝说，出来照顾教友，在堂区服务，被选为福州教区主教，祝圣前他向梵蒂冈驻香港代办FILONI蒙席报批，这人以福州已有一位地下主教为由拒签，但他的前任，方济各会士毕纳青PIERACINI热爱中国教会，写信给郑，表示他能接受祝圣以牧养福州教区的30万教友，郑即接受。然而他因长久未被政府信任，未被罗马认可，内心常闷闷不乐，他为教会做了极大的贡献。其中之一是修了玫瑰山庄，集大堂、图书馆、招待所、苦路等于一体，现成为全国著名的朝圣点。最近患食道癌去世，临死他收到了罗马认可的通知，得以安然离世。
我认为提高教友的素质是当务之急，教友的水平不可停留在一本教理问答上，必须向他们提供精神食粮。1951年土山湾还有一个印刷厂，暂时仍在教会手中，我想争取时间多出神修书籍，我特向格寿平打了报告，要求出版圣书，格寿平立即批示同意，并给我2000元作为初步费用。我先聘用了饶克安先生作助理，他是震旦大学文学院毕业生，有中文根底，也精通法文，是个热心教友，以后他一直在我身边勤恳工作直到被捕。我又向格寿平申请，派陆达源和严蕴良两位神父来修院教书，并作编辑。当时目标计划出许多的书，故总名为“神修文库”。此后又请朱希圣先生、张帆行先生帮助译作，在我们几个人努力之下，4年中我先后出版了30多本圣书。9．8后我们先后被逮捕，“神修文库”即夭折。所有书籍都被抄走，其中有几本到今日仍很有用，不知哪位教友仍存有神修文库出版的书，希望他们拿出来，好再版问世。