龚与政府的对抗在升级，龚、格下令，凡参加爱国会者不准领受圣体圣事。这是一个很严重的措施，几乎等于把爱国会会员绝罚。热心教友都不敢参加爱国会和爱国会组织的会议。有的会员没被吓倒，照常进堂，送圣体时仍走上祭台领圣体。堂区的积极分子，主要是青年教友强把他们拉下来。斗争白热化了，龚曾向我说：最好让教宗公开绝罚爱国会。爱国会后面的共产党政府决不会让步后退，龚则作最后一次的绝望挣扎。
为了应变，教会准备转到地下，格寿平指示搞一个耶稣会秘密初学院培养耶稣会接班人，他任命严蕴良为初学神师，吸收的初学修士公开保持着原来的身份，学生呀，老师呀，修士呀，每人每周和神师会晤一个或两个小时，请示汇报。被吸收的有陆达诚修士（现在台湾工作)、杨鼎华和王逸如，他们是震旦理科毕业生，聘请他们为备修院老师(杨现在为上海教区地下神父，王不知下落)，朱锡藩（现为上海教区地下神父），陈龙璋（学生），后还俗，董纪平，后还俗，现已死。
震旦大学法国神父DEBREUVERY在震旦大学女生中间挑选了若干名高才生，引导她们当修女，组织了一个地下修女会，她们是：ALISPAN潘英生医生（她的母亲是法国人，先被捕后释放，去加拿大行医，上世纪末病死）、吴端（大学毕业后在中学教数学）、李庆贵（震旦医科毕业留校工作）、卢树馨（圣母军，被捕后去青海劳改，回上海，在二工大教外语同时为光启社义务工作，译有圣咏和部分保禄书信，她精通中、英、法文，译文既忠实又漂亮，是不可多得的人才，她热心敬主，谦恭待人，使人钦佩）、董纪曼（释放后去香港定居）、谢石璇（后与任大鹏结婚去美国定居）、江泽玖（曾在外国语学院教书）、陈佩琛（不详）。DEBREUVERY回国后，托给甘易逢RAGUIN神父。他去台湾后，ALIS潘英生找我,希望我做她们的神师，我同意，她们每月轮流去修院，我向她们讲神修，有时我也去她们的“家”，他们的组织名为“家”。
朱树德也办起了一个“我乐之缘”的组织，人数不多。
政府就龚的为人咨询了爱国会成员胡文耀和杨士达等人，他们都说龚后有法国人，他明显由法国人在操纵，为此必须除去这批法国人。政府重视并重用杨士达，杨升为二医大教务长，兼徐汇中学校长，在上海，在全国爱国会中杨起较大作用。
1952年11月公安局逮捕了才尔孟，拘留他两个星期，在他交待清楚问题后，押送他出境。他先回法国到处演讲，一年后回香港在阿皆老道买了一所房子，成为上海教区驻香港办事处主任。政府逐步摸清上海天主教的内情。
重要的一击发生于1953年6月15日晚上，政府出动军队，包围了徐家汇耶稣会总院和耶稣会神学院以及蒲石路君王堂，逮捕了格寿平、美国耶稣会士翟光华、斐有文、朱树德并带走了朱洪声。在徐家汇也带走了格的机要秘书陈天祥。驱逐了耶稣会总院院长贝国梁，封锁了上述地点，软禁里面的所有神父修士。在金陵路亚纳公寓抓走了林仁与田望霖，他们是朱开敏主教的顾问，不断向黎培里汇报的比利时籍的神父。第二天报上大标题报道了这个行动，称之为反帝爱国运动，以此彻底肃清帝国主义的影响。为了吸引较多的教徒，把“三自革新”运动改名为反帝爱国运动。在市内办了一个大型的帝国主义罪行展览会，组织群众尤其教徒去参观，但效果不显著。震旦在大专院校院系调整后成为上海第二医科大学（简称二医大）。当天天主教的学生知道消息后成批赶往君王堂与徐家汇，带了面包等食物，说是为被软禁的神父修士们送食品，要求进入，几经劝阻，学生坚持不散。
这儿讲两个插曲，对我，颇具教育意义。被软禁在神学院的有一名神父叫王楚华，一天他越墙逃了出来，跑到松江找当时的总铎张瑞麟，张把他安置在一条小渔船上，后感到不是长久之计，把他介绍给昆山小横堂本堂王友兰神父。王友兰把他介绍到一家沈姓渔民教友家中藏起来，王楚华想通过黄牛逃到海外去，到了广州正在偷越国境时被边防警察抓住。他交代坦白了，使收留他的家人遭到极大痛苦。王判了刑，刑满释放后由他在美国的妹妹设法接到美国去了。但他如愿以偿后却没有对因他受苦的沈家有丝毫表示。另外有一个神父王继文，逃到姓张的教友家中躲起来，隔了两年被公安查到，张家为此吃了许多苦。我上面说的教育意义即一人做事一人当，千万不要为了自己的利益，为了保护自己，牺牲别人，令人冒险，连累他人。
反帝爱国运动开始后，天主教学生是政府工作的重点。在二医大，在一次进步学生与“公青”学生争辩激烈僵持不下，甚至发生冲突时，进步学生之一杨增年从楼梯上端猛地一跃跳下，以冲散群众，踩在同学身上，猛勇无比，受到政府嘉奖。杨在徐汇中学念书时，深得张伯达校长的赏识，领洗入教，张重点培养他，送他进震旦学医；解放后他觉悟得快，院方重视他，视他为进步学生的骨干。“文革”期间，红卫兵因他曾是教徒，狠批他，说他是混进革命队伍的异己分子、特务。在红卫兵鞭打之下，他只得坦白他是不暴露身份的特殊党员，他的档案材料应存特殊档案内。查核从实，放他过关了事。后他逐步上升受到重用，直至担任上海青联主席，1983年升为上海市宗教局局长，又升为统战部副部长。他把妻子儿子都送去美国，不久他自己也违背组织纪律私自去了美国，留在美国不回，被开除党籍。他在美国没有正式工作，做家庭护士，最近死在美国。
政府逮捕了公青学生中的龙家平等。李文之感到自己也会被抓，去四川南路天主堂找傅鹤州神父，傅把他送到朱学幼的家中去躲起来（按：朱在华商电业公司当科长，他的大女儿叫朱雪瑾，儿子名叫朱锡藩，即参加耶稣会地下初学院者）。由于李文之在朱家仍与同学联系，同学去朱家多了，政府发现情况把李从朱家抓出。李文之在狱中接受教育，深悔自己的过去，交代问题彻底，又检举揭发他人表现良好。9.8事件后，朱家为此受连累。龚被捕后，李从狱中放出。在大会上，控诉龚、格和金毒害青年的罪行。李加入爱国会，成为爱国会最坚强最积极的成员。她确是共产党改造顽固分子的成功典型。李50多年如一日地为爱国会工作，现已80高龄仍在爱国会上班，每天第一个报到，最后一个回家。
接着政府又逮捕了伯多禄堂王仁生神父、徐家汇蔡忠贤神父、四川南路若瑟堂傅鹤州神父。神父少了，有些青年就来找我，要我为他们的神师指导他们，我收了几名，其中有诸正珉、刘彤霞及刘的弟弟刘同范等。刘同范于1954年被逮捕，刘彤霞和诸正珉在我被逮捕后也被捕。刘觉悟较早，不久就被释放。诸正珉判刑后去青海劳改。政府拨乱反正后，释放回上海，给她们补发了二医大毕业证书，安排工作，现均退休。