维克多神学家高度理性的活动，是十二世纪出现新潮流和改变的先兆。正如宗教生活为适应时代的需要而产生律修会一样，具有影响力的研究中心（圣维克多只不过是其中之一）也应运时代的需要而从隐修院的背景之外发展起来。同时，除了兴办学校和大学之外，还涉及不少其他的事务，因此，可以清楚地看到一种脱离传统的范畴与方法的趋势，并由于希腊文、阿拉伯文和犹太著作的翻译，引进了不少新的研究资料。
从此，神学自称是一门科学，并根据亚里士多德的理念，获取了推理甚至演绎的性质。象所有科学一样，它是不偏不倚的；再也不涉及滋润精神生活的事，再也不符合隐修神学家对它的期望了。他们按思想的观点，而不是心灵追求知识的需要而阅读、研究和教导圣经。神学的活动，承接了更高度的纯理性的性质，更少默观性和减少依赖由礼仪所营造的气愤。研读圣经有两个明显的目标：神学的解释和文学的释义；十三世纪将是这些努力的收获时期。
神学酵母的中心地是巴黎，尽管有不少名校实是在劳安（Laon）沙尔特（Chartes）、雷姆斯（Rheims）、坎得伯利（Canterbury）和托利多（Toledo）等大城市。但巴黎是最有影响力的，因为有几位有名的神学大师如亚培拉、波利基柏、里勒亚兰和隆巴等有才能的学者能吸引各国的学生。不久，其他的大学相继出现，也成为巴黎各校的劲敌，例如在意大利的帕度亚、拿波里、巴勒摩；在英国的牛津和剑桥；在西班牙的塞拉曼加和艾加拉；以及在葡萄牙的盖巴等大学。
早在九世纪时，艾里真(John Scotus Erigena +870)曾尝试把柏拉图哲学引进传统的教义研究内，但受到批判。神学仍然是按照教会圣师的解释而研究圣经的一门学问。不过，到了十一世纪，有两个因素促成经院学派的兴起：一、编写教父著作中有关神学问题的索引；二、有关信仰和理性、启示和推理、神学和哲学的功能的激烈争辩。从教父著作的编辑，人们可以清楚的看到许多作品，如果不是互相排斥，也是不能调和的。这也清楚的显示，人的理性在理解和发展信仰的真理方面，有一定的作用。孔格综合这个问题如下：
十一世纪……处于辩证法与反辩证法这争的夹缝中……一个极端的问题是：基督徒的教义可以借理性的范畴了解吗？如果不能，由天主所创造而且是人的荣誉的理性，它的地位是什么……如果另一方面，答案是能的话，这是否会把基督所信仰的真实的东西，贬成一些普遍的、人的理性所能获取的法律呢？这样一来，奥秘何在？基督徒所信仰的真实，它的至高无上的独特性何在？
这就涉及辩证法和反辩证法之间的取舍问题了。有些反辩证法的神学家，采取非常极端的立场。他们和圣达弥安一样，断然否定理性在基督信仰的教导上的功能……他们认为辩证法侵占圣经，是一种亵圣是事。他们认为基督基督信仰的独特真理的性质就是超性，把它赐予我们，绝不是为了让我们把它塑造成一门科学，而是作为补赎和逃避世界的一中生活模式。这是一种苦修——隐修式的解决办法，我们不久会在圣伯纳的神学中找到，稍后在巴斯葛的思想中也可见到。这是不容质疑的，不可褫夺的基督徒的态度。
但是另一种态度还是可能的。其实这其中有一种态度是后来的教会所热烈赞同的，就是：一切的资料都是按层层相属的秩序排列。这是抓住一个象南方克这样的人的魅力。南方克是毕连哲的对手，也是伯克隐修院的创办人。这间隐修院不久就成了圣安瑟那些重要的思想发展的温床。
圣安瑟（ST Anselm 1033_1109）被誉为经院学派之父。他以柏拉图和圣奥斯定两位大思想家作为他思想的两大支柱，企图在这两者之间，为基督徒所信仰的提出一个理性的基础。然而他从未陷于极端的理性主义，因为在他看来，信仰常是神学的试金石。他的两个基本原则，对于安抚理性的功能与启示之争有很大的帮助。他的两大原则是：信仰以能理解，不是理解以便信仰。其实圣安瑟坚持如果没有信仰，一个人绝不可能理解启示的真理。以下所引的两段话，一为圣安瑟所说，一为他的弟子艾默(Almer)所讲，足以显示安瑟对于信仰与理性之间的关系的理解：
任何基督徒都不应该公开的讨论为什么天主教会完全信仰和口头宣认某一教义是真的。不过在单纯的信仰和真诚的遵行信仰而生活的同时，不妨耐心的追求的它的理性基础。如果他能理解他应衷心感谢天主。如果他不能理解，反抗是件愚不可及的事。他应该诚心悦服。
尽管我们我们相信圣经引导我们去信（有关基督的事）……不过，如果我们多少能在理性上掌握我们信仰的对象，必然与我们信仰的教导相同，这对我们是一件美好的事。天主是至高的理性，在他内存在着一切理性辩论的根源。
圣安瑟成功的削弱了某些主张辩证法的神学家极端的观点，同时，也平伏了一些顽固保守的传统份子的恐惧。不过最后还是由伯多禄隆巴（PeterLmbard+1160）成功的引进神学探讨的新方法：一是大量运用亚里士多德的哲学，二是广泛的搜集了神学和教会的圣师对一些神学问题的意见，汇编成书。隆巴最出名的作品就是：The Four Books of the Sentencess（文汇四书），他也因此成为文汇大师。许多世纪以来，伯多禄隆巴的汇编一直是神学研究的主要课本。
这个新的经院学派系统以问题与答案的形式取代了追溯神学的圣经和教父根源的做法。除了一些传统的隐修院之外，演绎推理也逐渐取代了选诵。无疑很多神学家认为，他们只不过实行圣奥斯定的言论：我渴望以理性寻求我信仰的一切。不过也有许多新派神学家主张，至少在理论上推理神学的终点和成全应该是默观。但事实上，苦修主义和奥秘主义越来越孤立，而伦理神学且越来越理性化。更糟的是圣伯纳、圣提里威廉、圣维克多邱格以及哥士达撒格等神学家，极力攻击亚培拉过份注重辩证法，宣趁信仰比一切有关启示真理的理性知识更优越，这使分歧的情况变的更严重。云丹博克综合当时的情况如下：
在这个时代产生的经院派神学研究方法，其实是一种新方法，文汇大师成了主要的权威人士或至少是必须的起步点。由此而产生的一个难以克服的威胁，一个非常真实的危险，那就是：直接阅读圣经和教父，回逐渐被人遗忘或忽视到最低的程度，预示了神学（此时以正式成为一门科学）和奥秘主义，或至少与灵修生活分家的先兆。这样奥秘主义的范围将纯粹属于宗教感情方面，在这时对于信仰的对象仍保有渗透性的洞察力和品尝的雅兴；但这些慢慢地也要变成一种止于它本身的价值，甚至到拒绝它过去的理性基础的地步。不久它必定会被充满狄尼修色彩的 不可知 所包围，而最后便会规定，原则上这是灵魂的提升不可或却的条件。