第一个为圣方济亚西西写传的作家施兰诺多玛斯(Thomas of Celano)记载，圣道明有一次对圣方济说：「方济兄，我希望你的修会和我的是一个，也希望在教会内，我们只有一种生活方式。」圣人说这话是很有道理的 ，因为两个募缘修会的根源很接近，尤其是他们都着重遵守福音教导的神贫和宗徒的讲道。两会有这样多的相同之处也有原因的，因为事实上，他们两人都是同时代得人，他们都致力于改正教会的恶习，并企图透过他们的讲道和贫穷，使基督徒的生活，回复福音的标准。由于很大部分的司铎、隐修士的财富和教会高层人士在现世所享有的权势，福音几乎在每一个地方都被忽略。当时，人们为改正恶习及其罪恶所作的种种努力，总是失败的居多，这不只是因为许多司铎和隐修士不肯回头，同时也因为改革者诉诸于武力（例如蒙特福和毕烈西亚诺等）；另一些人却成为极端分子和不服从教会分子（例如光照派和亚比真派）
从圣方济亚西西，我们看到一个受人欢迎的传教运动开始兴起，这个运动宣称忠于信仰、服从教会权威、寻求社会各阶层的人们的回归。有时，正统和异端的 界限是很难界定的，但方济的宗教热诚和安贫乐道的西乐，终于战胜一切。他所留下的著作，数量很少——两套规则、一份遗嘱、几封信、一些劝谕和祷文——但Poverello（贫者）却是福音灵修的根源，它象一股奔流的活水，刷新和滋润着教会。
方济伯纳丹（Francis Bernadone）于1181/2年生于亚西西，在1206/7，他从一种奢华富裕的生活，转而为贫穷和补赎的生活，到120/10年，他吸引了十一个门徒追随他，他给他们订立了一套生活规则，后这规则获得教宗依诺森三世口头的批准。方济规则强调贫穷、谦虚和绝对服从教会的权威。
即使在还未聚集任何门徒以前，方济尽量一字一意的按照玛窦10：9-10所写的有关贫穷的方式生活。稍后，当他的团体写的有关贫穷的方式生活。稍后，当他的团体逐渐壮大，会士对于一个专志于传道的宗教团体应守什么程度的贫穷，产生了歧义。对于用基本需要作为放松守严格贫穷的理由，方济有这样的看法：在满足简单的需要时必然会逐渐陷于追求安适。在另一个场合，他有提出警告说：世界将会按他们离弃贫穷的程度而离弃方济会。尽管方济反对，当方济运动迅速的在整个欧洲发展时，有一个越来越明显的趋势就是：团体需要组织，同时更精确的立法，也要求缓和原始的守严格贫穷的做法。
关于圣方济的理想，有许多问题是值的探讨的：是否了能按照字面的意义解释和实行福音有关贫穷的教训？方济最初是否只是打算聚集一群不固定的，与有组织的团体没有密切联系的募缘讲道者，而不是要组织一个宗教团体或修会？方济强调贫穷是否太过分？以致有些会士以此作为目标而不当作手段？我们可以思考这些还有许多相连的问题，不过历史的事实是：教宗依诺森三世和新修会的保护人乌戈利诺枢机也认为方济有关贫穷的规则过分严厉。似乎教会当局也很迟疑，不太愿意完全支持圣方济岁拟订的那种生活方式。
圣方济一生的重要事件和方济会的发展，可以扼要说明如下：1212年在亚西西，圣方济和圣佳兰创立了圣方济女修会，当时称为贫穷假兰会，方济为她们订立了一套生活规则。方济也曾象圣道明一样，极想到远东去传教，但他两次尝试失败了。据说在1213年，他曾远至西班牙、孔甫士帝拉的圣地牙哥。1219年他成功的抵达摩洛哥和突尼西亚，向摩尔人传教。据说他也曾到过圣地去朝圣。在1221年他创立了现代所称的圣方济第三会，这会包括愿意按方济精神生活的司铎和普通教友。到了这个时候，方济会已创立了十二年，会院的教目超过三千。
1220年圣方济辞去作为领导人的职位，由伯多禄兄弟承继为修会总会长，但他也同年逝世了，由艾利亚兄弟继任。1220年全体大会批准并颁布规则的新版本，似乎乌戈利诺枢机劝凡济先把规则的原文加以修订才向教宗呈递。圣方济顺从了。全体大会在1223年通过第二次修订的规则；同年十一月，教宗韩诺里正式批准了这份规则。坐化修订的规则的主题是贫穷、劳工、讲道和向无信仰的人传教的使命，力求保持积极与默观生活之间的平衡。
在这期间，圣方济几乎把全部的时间精力完全放在讲道、做补赎和祈祷上。1224年9月17日他在亚维诺山上的独修芦内，得到了圣五伤的恩宠。这是在基督徒灵修史上，第一次记录了在一个人的身上明显的见到基督的困难的记号；在后来的历史中，甚至在近代，这种情形重复出现不少次。
1226年圣方济写下他的遗嘱，最后一次请求会士严格遵守贫穷的规条和忠于遵守规则。这份遗嘱引起了修会内另一次危机；有些人要给它赋予法律的力量，有些人在尊重会祖的权威下，认为应该把它视为父亲对儿子的勉励。他们的争执，最后又教宗国瑞九世解决。他在Quo elongati 诏书（1230年）里宣布：遗嘱不能有法律的约束力，但他委派一位宗座公使，又他处理方济会士的一切财政问题，好使他， 能遵守严格的贫穷规则。
在这期间，体弱力衰的圣方济已接近失明的边缘，而且还经常吐血，却写成了他最美丽的祷文：太阳歌。当他意识到死期临近时，他命令弟子们替他脱去衣服，放他平躺在地上，不过后来他还是接受了一位弟兄给他的一件粗毛衣。1226年10月3日傍晚，他吟唱圣咏141篇，他的弟兄在一旁伴唱。然后，他又请一位弟兄诵读若望福音13章，他就在诵读声中溘然长逝，进入永生。他死后两年，由教宗国瑞九世册封为圣人。
圣方济死于他的修会面临严重危机期间。会士们在他尚未去世以前，已开始减轻守贫穷的程度，到他死后，他们分裂成「保守派」、「稳健派」和「灵修派」 。尽管在1257—1274年间，圣文德任总院长时不断努力，也不能把所有的会士联合起来，对方济生活应有的方式意见一致。至到最近，在1909年，教宗比约十世在他的教宗书信Septimo iam pleno 宣布方济会的三支都是原始的方济会的永久修会。分别称为：方济小兄弟会（O.F.M ）方济住院会(O.F.M.Conv)及方济嘉布迁会(O.F.M.Cap) ,三会的三位总会长都是圣方济的承继人。因为三支都是出自同一棵数的。
还有其他因素，造成修改圣方济的原始理想：讲道和教育的职责、保卫这些募缘会抵御反对者的攻击、会士接受司铎职。从、一开始，早期的小兄弟就追随方济本人的榜样，专志于周游各地讲道，虽然必须有一定程度的基本教育，方济会士并不太愿意研究课程，主要由于圣方济对于做学问有保留的态度。最后，当他们终于进了大学，却又不幸和道明会同时成了教区神职人员猛烈反对的牺牲品。
两个募缘会都曾在巴黎大学附近建立会院，早在1229年，道明会已在巴黎大学主持神学教席，1331年有一位方济会士照样做。可惜到了1252年，以圣厄摩的威廉为首的堂区司铎开始攻击这些会士。1255年，威廉写了一篇措辞激烈的文章，企图撤消所有的修会会士的教席。自1269——1272年间，亚比维的约赫和里修的尼哥拉继续不断地攻击他们。有赖圣多玛斯和圣文德，会士的地位得到教宗亚历山大四世的保证，由教廷直接保障他们。