沙勿略1506年生于西班牙，在巴黎大学读书时结识了依纳爵。1534年与依纳爵等七人组成耶稣会小团体。
当时印度有许多传教士，看到印度的的丰富文化，请求派有能力的传教士去，国王又请求刚刚成立的耶稣会帮忙。1540年依纳爵派了自己最心爱的同伴沙勿略从李斯本出发，到东方传教。经过11个月的航行后，1541年到达印度，在印度传教四年，成绩卓著。
1545年到马来西亚传教
1549年到日本传教，发现日本人崇尚中国文化，遂想方设法到中国来传教，但因明朝闭关锁国，不能进入。
1552年到达中国广东上川岛（广东东南90公里）是年12月3日死于此岛，终年46岁。
沙勿略在东方传教十年之久，行程10万公里，授洗10万余人。从印度、马来西亚的严热到日本的严寒，所经历之苦出常人的想象，他对天的祈祷和对人灵的得救推动着他的传教事业。他临终时曾言：“中国我没有进入，但大门我已经打开了”，就是在他去世的那一年，利玛窦诞生在意大利，30年后，他将福音传入中国。
圣方济各·沙勿略被誉为东洋宗徒。