背景：
在十字军东征的过程中，教宗一直是西方教会和国家的领袖，锡封权的斗争也以教宗胜利而告终。教宗权利越来越高，所以好多事情都要教宗裁断。在教宗的批准下骑士、隐修士拓展基督教文化，在动荡不安的年代中，是教宗将教会和国家联系在一起，到12世纪元中期，教宗权利达到顶峰，直到德皇腓特列一世，他后来参加了第一次东征（1152——1190年）。他向教宗挑战，教宗与国王的斗争，延续了100年之久。
一、冲突
腓特烈一世与教宗哈德良四世。腓特烈当上德国皇帝以后想重建神圣的罗马帝国，自己成为罗马帝国的皇帝，教会意识到腓特烈的野心，于是准备组织人马反抗腓特烈，并且教宗准备将其开降教籍，教宗在1159年9月1日去世。
腓特烈一世与亚历山大二世的争斗和十七年的分裂（1159——1176）哈德良四世教宗去世后，红衣主教选举了罗兰德枢机为亚历山大三世为教宗，发生了争执，腓特烈宣布教宗的选举无效，另立一立教宗取名维克多四世。提议召开大公会议审判教宗，教宗声称，除了天主之外没有人能审判我。并把腓特烈开除教籍。腓特烈声称要攻下罗马，教宗避难法国。欧洲各国分为一派，法、英、西班牙支持教宗。德国、苏格兰、意大利则支持皇帝。1176年，在战役中，腓特烈被击败，逃到威尼斯，请求教宗宽免，跪伏在地。经历了17年，终于确认了教宗国与教宗的地位，腓向教宗道歉并承认教宗的合法性。“威尼斯会议”——《威尼斯和平》。1177年后，他参加了十字军东征，死于战争中。
1179年，教会召开了第三次拉特朗会议，前后召开了15次，第十一次会议决定，从此以后教宗的选举必须有三分之二的枢机通过才算是合法教宗，无需国王和罗马公民的认可。（1059年的罗马会议重申了此规定）并严格规定了神职的独身制度。
二、教宗意诺森三世：教宗权利的高峰。
意诺森三世1161年出生于罗马，37岁时，获两个博士学位，（社会与教会法律）后当选教宗，时年才38岁。他是第一个用“基督的在世代表来称呼自己”的教宗，说明他是天主与人世间的桥梁，在天主之下，众人之上，他所强调的是精神上的权威，不愿意过问俗事，不问政事。
1、教宗国的独立：巧妙地利用意大利、德国之间的冲突，保护教宗国的独立性。
2、保护婚姻的神圣性：当时的法国国王菲利普二世抛弃妻子Inseborg而另娶Agnes。教宗对法国行使禁令，禁止神职人员行圣事。（这是中世纪教宗对某些国家和地区颁的一种法律制裁主要针对神职，包括禁止教会礼仪及关闭圣堂。）
3、英国若望国王在1205年任命他的亲戚为坎特布里的大主教，神职界反对他的作法，于是选出了另外一位，双方争执不下。良十三世把二人均废除，教宗把斯德望•郎顿任命为坎特布里的大主教，国王不允拒绝他进入英国。1208年，教宗对英国发布禁令，国王反抗教宗强迫神职举行圣事，教宗开除英国王教藉。委任菲利普二世代管，若望承认错误，承认教宗为英国领主。
4、第四次十字军东征的发起人：“抢劫君城”之后，教宗任命了Thomas Morasini为君士坦丁堡的拉丁礼的总主教。希望东西合一，但事与愿违。
5、召开了第四次拉特朗大公会议：1215年召开，有1300多人参加，有红衣主教，总主教，主教，国王等，这是继尼西亚会议以来人数最多的一次。有很多规定：A、每年必须办告解，领圣体一次；B、确定圣体圣事的奥迹。（质变形不变）。C提议为东征募捐；D、批判亚尔比异端和华尔图异端。
6、修会的批准者。他在位期间，批准了多明我会、方济各会的成立。
教宗于1216年7月16日去世。