背景：第十、十一世纪、社会与教会混乱、伦理生活堕落为异端的产生和传播创造了条件。
中世纪出现两个异端，它们带反社会反教会及无政府主义的倾向。由于教会内部堕落开始，他们首先攻击神职人员。
一、亚尔比异端ALBIGENSES：
又称新摩尼异端。摩尼异端在教会初期对教会带来很多麻烦。虽被教会批判，但并没有来绝，到九世纪摩尼异端在亚美尼亚重新开始发展，又传遍整个东罗马帝国，十世纪传到保加利亚、法国、西班牙及意大利。此时被称为新摩尼教，他们称自己为“纯洁者”（CATHARI）根据地在法国ALBI。
相信二元论：善神与恶神，善神控制精神，恶神控制物质界，两神永远作斗争，整个有形可见的世界是恶神的工作，因此这世界本性是恶的，故而“婚姻，生育，家庭”都被认为是不伦理的，吃肉不能得救，所以过苦修生活，鸡蛋、肉、牛奶等玷污人，不能享用。认为基督的死亡与复活是预示性的，认为耶稣是天使，不是人，认为教会降生的信仰会增加世界的罪恶，是不可信的。
他们分两种：完人及信者。完人度神贫，刻苦的生活，到处宣讲福音道理，信者为普通者，认为一般不能得救，需在死前经过完人的覆手。“精神怀的洗礼”。这样信进才可免除罪过的罚，如果病好又活过来则要饿死或窒息而死，因覆手一生才一次。
此异湍对教会，对社会造成很大影响，同时也吸引了不少人，因为他们刻苦的生活，不似神职人员那样过着奢侈的生活。教会召开会议批判他们，不听则绝罚。当时教宗意诺森三世，派遣许多会士为他们讲福音，可未成，后来他们用武力攻击教会，杀死了教宗的代表（1209年）PETER OF CASTELNAU。于是教宗号召所有基督教国家，发动“亚尔比十字军”开始东征。从法国，西班牙开始，后来教宗额我略九世又定了宗教裁判所，委任多明我会士审判。最后到13世纪末，摩尼异端逐渐消失了。
二、华尔图异端：
WALDENSIANS，产生于公元12世纪。主要从教会外部来的。创始人为法国里昂的商人WALOLO。后来领洗皈依并加入了托钵修会。1176年，开始按耶稣的话做，变卖自己的一切财富，到处讲道，攻击神职人员的财富及堕落。他们热心可嘉，身穿破衣，到处宣讲，然而因为他们没有知识，故而也宣讲错误。在1179年，在第三次拉特朗会议上，他们的刻苦生活受到教宗亚历山大的表扬，同时也禁止他们讲道，可他们不听。教宗卢西斯三世在1184年沃罗那会议上把WALOLO开除教籍，因他们不服从教宗的劝解，WALOLO仍我行我素。他们主要坚决反对为亡者祈祷，献弥撒及不承认炼狱的存在并主张圣事的有效性在于施行人本身。这是他们主要的错误，他们反对圣事，弥撒，神职，教会的大赦，对圣人的敬礼，婚姻的不可拆散性。
三、教会和国家对异端的斗争、
从异端的信条中我们不难看出他们不但反对教会的正统信仰、也扰乱社会的正常秩序。如果不对他们加以制止，将会产生极大的危害，必须要采取严历的措施使之改邪归正。这是当时欧洲的普遍看法，如果用武力的方式把圣城从异教人手中夺回来是圣战的话，那么采取武力措施以保护神职界、圣事、天主十诫、社会秩序不也是一种圣善行为吗？
四、宗教裁判所：INQUISITION
中世纪初期，异端刚刚开始，教会对此也不知所措，不知该如何处罚他们，国王就采取用刑甚至是死刑，往往遭到教会高级神职的反对。当时教会的最高当局对异端的调查还没有系统化，仅是把任务交给当地主教和教会法庭处理。后来异端泛滥，当地的主教和法庭已经无能为力，教宗不得已而开始干涉。意诺森三把调查异端集中化、系统化。他派代表去巡视捕捉异端并进行审判。1231年，额我略九世正式成立宗教裁判所，开始压制异端，于1233年，把裁判所的权利委托给多明我和方济各会，权利非常大，直属于教宗，不受当地主教管辖，故而众说纷纭。
（一）、宗教裁判所的历史演变过程：
1、初期教会：弟前一章廿节：保禄把依默纳约与亚历山大交于撒殚，这是开除教藉的来源，这是教会在前300年中，对异端的唯一惩罚，当时圣西彼廉与奥利振都坚决反对刑罚。
2、公元3世纪——6世纪：随着教会获得自由，异端突起。罗马皇帝认为自己除了是世俗国王之外也是精神领袖，（最高的司祭）。382年，戴尔陶西开始颁布法律，应该对异端人治裁，因为对国家有害，方式有充军，没收财产，剥夺其继承权，后来变本加厉。
3、382年帝国正式颁法律对异端人处以死刑：如对摩尼教，多那芯等，这死刑由国王来下令的，奥斯定和玛尔定主张打击但反对死刑。金口若望说把异端者处死是不可弥补的罪行。主张剥夺他们的议论权和解散他们的集会。
4、476年西罗马灭亡，东罗马帝国政教合一，教会的法律与国家的法律因同一机构混在一起很难分清。教会开除教籍，皇帝则会对异端处死刑。
5、6——10世纪，此阶段的教会虽然混乱，但基本上没有异端出现，教会也很少对异端加以惩罚，只是鞭打或监禁。
6、11世纪开始，在西方出现了把异端人烧死的记载。第一次是1022年，法王罗伯特把13个亚尔比异端人烧死，但教会一直没有参与。在11世纪只有一位主教赞成此举。地方长官应独自为此事负责。后来在意大利也出现处死异端的现象。
“信仰应通过劝说获得，不是借武力强加于人”―伯尔纳多
7、1197年，西班牙的国王伯多禄二世第一次明文规定对异端人处以死刑，教会并不赞成。1215年，在拉特朗召开会议，规定没收异端人财产，放逐，剥夺其在教会墓地埋葬的权利，反对死刑。同时当时的教宗意诺森三世是第一个与世俗力量合作对付异端人的。同时他也意识到了一旦许可世俗权力对付异端人，其暴力程度是多么残忍和不可控制。
8、德皇腓特烈二世于1229年正式宣布应该对这些顽固不化的异端人处以死刑，当时教宗额我略九世认可了这一作法，不过加了一条件：把审判谁是顽固不化，该处以死刑的权利保留于教会。从此以后，教会与政府联合在一起了。
1231年额我略九世正式成立宗教裁判所，交由多明我会管理。1252年教宗意诺森四世正式批准了可以用各种惩罚加以审讯。1259年亚历山大四世对此更加肯定。
9、从宗教裁判所到信理部、裁判所在13世纪达到高峰。14世纪开始衰落。其衰落原因主要有以下几点：
A、异端人减少； B、负责裁判所的人滥用权力，有时甚至不服教宗的领导； C、由于国王的干涉，裁判所丧失了原来的目的； D、负责裁判所的多明我会与方济各会彼此不合，最后教宗出面才得以解决；
1254年教宗保录三世改裁判所为宗教裁判部，做为教会最后的审判机构，由6位枢机负责。 1587年西道五世，扩大裁判部组织，由13位枢机负责。 1908年比约十世改其为圣秩部。 1965年保录六世正式命名为“信理部”保证教会在信理和伦理方面的正确性。
（二）宗教裁判所的程序：
1、恩宠期（TIME OF GRACE）：会士到各地去寻异端人，对于承认错误，悔改的人处轻微处罚，禁食或朝圣。
2、审判期：开始调查被揭发为异端之人，被调查者可为自己辩护，不时在调查时也用各种刑罚。但事后，当事人必须再次肯定在压力下所说的话。
3、判刑期：A、证据不足者无罪释放；B、判罪——经审察，法律专家确定，确为异端者，由当地主教审批处以刑罚。刑罚有两种：承认错误表示悔改者处以禁食，祈祷，朝圣，公开鞭打，身带十字架，没收财产，充军，终身监禁。如死不悔改者，开除教籍，交于国王处理。通常为死刑。
五、西班牙的“宗教裁判所”：
西班牙和威尼斯的“宗教裁判所”不能与教会内部的相提并论。教会是为了人灵的益处。他们的裁判所是混合法庭，裁判人多为皇帝亲信，世俗君王的权利占主导地位。他们利用宗教达到他们的政治目的。他们主要对付阿拉伯伊斯兰教徒及犹太人。他们的行为不能归罪于教会。
1481年，西班牙皇帝斐尔弟南及皇后依丽莎白为对付伊斯兰教、迫使犹太人加入教会，展开了一系列的审判。还为了针对当时社会上的谋杀，放高利贷，走私和伦理堕落，为了预防外来的危险错误思想，建立宗教裁判所。（这也是新教在其它国家盛行，却未能进入西班牙本土的原因）。进入16世纪，随着航海事业的发展，西班牙向外扩展，他们把裁判所也带到了新大陆，美洲及非洲。他们的残暴令人毛骨悚然。（历任教宗屡次反对西班牙的做法但收效甚微）1808年，拿破仑占领西班牙并要废除宗教裁判所，可遭到反对。1814年，重新恢复，直至1834年，取消了宗教裁判所。
六、现代人对宗教裁判所的评估
宗教裁判所为对付异端人而采取的严历措施对于今天的人看上去是极不人道的，但为了公平起见，我们必须设法了解中世纪人的思想意识和价值观念。对他们来说信仰具有永恒的价值，这远远高于世俗特别是身体的价值。此外，他们认为应不惜一切代价来保护信仰的纯洁和完整。如果一个人攻击政府就应被判死刑，那么更何况他攻击的是天主和他的教会昵？另一方面，人领洗之后，就属于教会的儿女，因此教会有责任和权利来监督自己儿女的行为防止他们陷入大罪之中，异端不但自己走向犯罪的道路，而且对其它成员造成了极大的影响。因此慈母教会有绝对的责任来纠正这种错误的倾向。